This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_006Y4C3.2

Display Name: Sierra_Leone/PPD_006Y4C3.2/2025-07-15
A. K. O. Campbell, M. Faye, M. Kane, M. Ndiaye, I. Omah, A. M. Diouf, M. A. Barry, A. Gaye, M. M. Diagne, A. Koroma, M. Boie, Z. Koroma, J. Kanu, B. Diallo, A. Sow, A. A. Sall, I. S. Fall, D. Harding, J. Squire, M. A. Vandi & F. Sahr

Sample details

Collection date
2025-07-15
Country
Sierra Leone
Admin level 1
Falaba
Isolate name
PL-25-07-076|Falaba|SLE|2025-07-15

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-10-03 18:40insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
G.1

Authors

Author affiliations
Central Public Health Reference Laboratory, Freetown

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2025-09-17
NCBI update date
2025-10-23

Alignment and QC metrics

Length
188110
Completeness
93.36%
# of SNPs
77
# of inserted bases
3
# of deleted bases
25
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
4013
# of frame shifts
2
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG044:149-150(nt:28533-28540),OPG174:290-347(nt:148355-148528)

Submission details

Submission ID
OZ313270.2
Submitting group
Date submitted
2025-10-26 16:48:57 UTC
Date released
2025-10-26 16:55:24 UTC
Earliest release date
2025-09-17

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • C17437T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
  • T28175C
    • Deletions
    28532, 136546-136554, 148529-148535, 163207-163214
    Insertions
    ins_16622:ATC

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D18N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG030

  • OPG030:E133K

    • OPG031

  • OPG031:D13N

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG049

  • OPG049:S95L

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG090

  • OPG090:E38K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG106

  • OPG106:R29K

    • OPG112

  • OPG112:E85K

    • OPG113

  • OPG113:V528I

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG136

  • OPG136:A327T

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG172

  • OPG172:E56K

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG198

  • OPG198:E57K

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG044:148, OPG153:383-385, OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    ins_OPG029:154:D

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue