This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_00JTUMS.1

USA/PPD_00JTUMS.1/2026-06-03
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Los Angeles County Public Health Lab microbial pathogen submission group, Los Angeles County Public Health Laboratories

Sample details

Collection date
2026-06-03
Sampling location
USA (California)
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00975/2026

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-07-14
NCBI update date
2026-07-14

Host

Host

Submission details

Submission ID
PZ645920.1
Submitting group
Date submitted
2026-07-15 04:38:20 UTC
Date released
2026-07-15 04:39:54 UTC
Earliest release date
2026-07-14

Alignment and QC

Length
197055 (87.8%)
# of SNPs
97
# of inserted bases
52
# of deleted bases
140
# of unknown bases
24077
# of stop codons
1
Stop Codons
OPG151:7

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C4986T
  • G6324A
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C23564T
  • C24584T
  • G25661A
  • C27826T
Deletions
602-609, 133177-133186, 150560-150568, 169769-169774, 179158-179256, 196610-196617
Insertions
ins_133102:TTT, ins_136554:ATC, ins_173324:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG015

  • OPG015:E391K

OPG023

  • OPG023:P71S

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG040

  • OPG040:D299N

OPG043

  • OPG043:E44K

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG049

  • OPG049:D24N
  • OPG049:V29I

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG063

  • OPG063:P120S

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N
  • OPG092:S284F

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG133

  • OPG133:P101H

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG143

  • OPG143:S363L

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG151

  • OPG151:S7*

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG188

  • OPG188:E261K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG197

OPG197:34, OPG197:35
Insertions

OPG153

ins_OPG153:385:D

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue