This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_00JTUAF.1

Belgium/PPD_00JTUAF.1/2026-05-18
T. de Block, D. Jansen, K. Ramadan, J. Coppens, M. Van Esbroeck & K. Vercauteren

Institute of Tropical Medicine, Antwerpen

Sample details

Collection date
2026-05-18
Sampling location
Belgium
Isolate name
26051640

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.4.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2026-07-11
NCBI update date
2026-07-12

Submission details

Submission ID
OZ493655.1
Submitting group
Date submitted
2026-07-15 04:38:20 UTC
Date released
2026-07-15 04:38:51 UTC
Earliest release date
2026-07-11

Alignment and QC

Length
197209 (100%)
# of SNPs
102
# of inserted bases
103
# of deleted bases
103
# of unknown bases
50

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • G22541A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
Deletions
608, 609, 133177-133186, 150586-150602, 179172-179243, 196616, 196617
Insertions
ins_0:TAATTAATTTA, ins_133102:TT, ins_136554:ATC, ins_173315:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_197209:TAAATTAATTA

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG037

  • OPG037:S347F

OPG038

  • OPG038:L207F

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:D54N
  • OPG074:D393N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG107

  • OPG107:E169K

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG113

  • OPG113:H218Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG121

  • OPG121:E172K

OPG133

  • OPG133:H222Y

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG148

  • OPG148:G312S

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG164

  • OPG164:E5K
  • OPG164:D97N

OPG175

  • OPG175:S29L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG204

  • OPG204:S152L

OPG205

  • OPG205:D330N

OPG209

  • OPG209:S30L

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:T1506I
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions

OPG153

ins_OPG153:385:D

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue