This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_00JTU8K.1

Belgium/PPD_00JTU8K.1/2026-05-06
T. de Block, D. Jansen, K. Ramadan, J. Coppens, M. Van Esbroeck & K. Vercauteren

Institute of Tropical Medicine, Antwerpen

Sample details

Collection date
2026-05-06
Sampling location
Belgium
Isolate name
26050266

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2026-07-11
NCBI update date
2026-07-12

Submission details

Submission ID
OZ493652.1
Submitting group
Date submitted
2026-07-15 04:38:20 UTC
Date released
2026-07-15 04:38:51 UTC
Earliest release date
2026-07-11

Alignment and QC

Length
197195 (100%)
# of SNPs
99
# of inserted bases
91
# of deleted bases
105
# of unknown bases
30

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25213A
  • G25661A
  • C27826T
  • T28175C
Deletions
607-609, 133177-133186, 150586-150602, 179172-179243, 196615-196617
Insertions
ins_0:TAATTAATTTA, ins_133102:TT, ins_173274:A, ins_173311:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_197209:TAAATTAATTA

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG023

  • OPG023:P71S

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG040

  • OPG040:S89F

OPG043

  • OPG043:E44K

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG063

  • OPG063:S54L

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG120

  • OPG120:D151N

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG143

  • OPG143:D68N

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG161

  • OPG161:E5K

OPG176

  • OPG176:S106F
  • OPG176:H221Y

OPG180

  • OPG180:E291K

OPG188

  • OPG188:E12K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue