This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_00JSLN0.1

USA/PPD_00JSLN0.1/2026-05-02
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Los Angeles County Public Health Lab microbial pathogen submission group, Los Angeles County Public Health Laboratories

Sample details

Collection date
2026-05-02
Sampling location
USA (California)
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00971/2026

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.4.1

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-06-30
NCBI update date
2026-06-30

Host

Host

Submission details

Submission ID
PZ534655.1
Submitting group
Date submitted
2026-07-01 04:37:08 UTC
Date released
2026-07-01 04:38:57 UTC
Earliest release date
2026-06-30

Alignment and QC

Length
197091 (92.2%)
# of SNPs
98
# of inserted bases
54
# of deleted bases
126
# of ambiguous bases
4
# of unknown bases
15319

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • G1262A
  • G2543A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G15428A
  • C16633T
  • T16684C
  • A18769G
  • C18901T
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
Deletions
602-609, 133177-133186, 172087, 179145-179243, 196610-196617
Insertions
ins_19352:N, ins_133102:TTT, ins_136554:ATC, ins_150585:G, ins_173436:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F
  • OPG002:S70L

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG029

  • OPG029:D129G
  • OPG029:C146Y

OPG037

  • OPG037:S347F

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K
  • OPG056:D355N

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:D54N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG113

  • OPG113:H218Y
  • OPG113:V474F

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG121

  • OPG121:E172K

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG144

  • OPG144:M41T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG148

  • OPG148:G312S

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG155

  • OPG155:D119N

OPG175

  • OPG175:S29L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG193

  • OPG193:S14N
  • OPG193:L263F

OPG209

  • OPG209:S30L

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
Deletions
N/A
Insertions

OPG153

ins_OPG153:385:D

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue