This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_00JSJ61.1

USA/PPD_00JSJ61.1/2026-05
S. Green, H. Barbian, K. Kunstman, S. Bobrovska, E. Newcomer, F. Araujo-Perez, G. Balangue, M. Dominguez, E. Hernandez & J. Kahsen

Regional Innovative Public Health Laboratory, Regional Innovative Public Health Laboratory

Sample details

Collection date
2026-05
Sampling location
USA (IL, Chicago)
Isolate name
hMpxV/USA/IL-RIPHL-MPXV-050-0371/2026

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.4.1

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-06-30
NCBI update date
2026-06-30

Host

Host

Submission details

Submission ID
PZ526800.1
Submitting group
Date submitted
2026-07-01 04:37:08 UTC
Date released
2026-07-01 04:37:54 UTC
Earliest release date
2026-06-30

Alignment and QC

Length
195588 (97%)
# of SNPs
116
# of inserted bases
39
# of deleted bases
112
# of unknown bases
4283

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3740T
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • A18769G
  • C20265T
  • C20453T
  • G20576A
  • G21394A
  • G21723A
  • G21751A
  • C23564T
  • G24205A
  • G25661A
Deletions
133177-133186, 136552-136554, 179145-179243
Insertions
ins_133102:TTT, ins_173304:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATATATATA

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N
  • OPG003:E290K

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG035

  • OPG035:R47K

OPG037

  • OPG037:S228L
  • OPG037:S347F

OPG043

  • OPG043:P163S

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG055

  • OPG055:S278L

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG065

  • OPG065:R28C

OPG068

  • OPG068:E75K
  • OPG068:E108K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG097

  • OPG097:R181K

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG113

  • OPG113:H218Y

OPG118

  • OPG118:S521F
  • OPG118:K606E

OPG122

  • OPG122:R182Q

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG148

  • OPG148:E157K
  • OPG148:G312S

OPG163

  • OPG163:P67S

OPG170

  • OPG170:R51K

OPG175

  • OPG175:S29L

OPG176

  • OPG176:D128N
  • OPG176:H221Y

OPG190

  • OPG190:E129K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG198

  • OPG198:S179L

OPG205

  • OPG205:D330N

OPG209

  • OPG209:S30L

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG153

OPG153:385
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue