This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_00JJ9KZ.1

USA/PPD_00JJ9KZ.1/2026-03-10
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Los Angeles County Department of Public Health, Los Angeles County Public Health Laboratories

Sample details

Collection date
2026-03-10
Sampling location
USA (California)
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00917/2026

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-04-15 08:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
E.4

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-04-11
NCBI update date
2026-04-11

Host

Host

Submission details

Submission ID
PZ246274.1
Submitting group
Date submitted
2026-04-15 08:46:26 UTC
Date released
2026-04-15 18:35:31 UTC
Earliest release date
2026-04-11

Alignment and QC

Length
197180 (100%)
# of SNPs
105
# of inserted bases
93
# of deleted bases
122
# of unknown bases
3

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G816A
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G9025A
  • G9229A
  • G10060A
  • C12062T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • C23564T
Deletions

607-609, 133102, 133177-133186, 174531-174536, 179145-179243, 196615-196617
Insertions

ins_0:ATAAGTTTTAGTACATTAATATTAT, ins_166116:TTAATAA, ins_173317:ATATATATATATATATATATATATATATATATATAT, ins_197209:ATAATATTAATGTACTAAAACTTAT

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG016

  • OPG016:R84K

OPG023

  • OPG023:R280K

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG036

  • OPG036:M1I

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG061

  • OPG061:H27Y

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:E6K
  • OPG074:R665C

OPG092

  • OPG092:E155K
  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG112

  • OPG112:P70S

OPG114

  • OPG114:D82N

OPG118

  • OPG118:H12Y
  • OPG118:K606E

OPG124

  • OPG124:L16F

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG137

  • OPG137:R107C

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG153

  • OPG153:E293Q

OPG174

  • OPG174:A154T

OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

OPG180

  • OPG180:D59N

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG209

  • OPG209:T131S

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue