This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_00JJ9AJ.1

USA/PPD_00JJ9AJ.1/2026-02-23
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Los Angeles County Department of Public Health, Los Angeles County Public Health Laboratories

Sample details

Collection date
2026-02-23
Sampling location
USA (California)
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00914/2026

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-04-15 08:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2026-03-29
NCBI update date
2026-03-29

Host

Host

Submission details

Submission ID
PZ178168.1
Submitting group
Date submitted
2026-04-15 08:46:26 UTC
Date released
2026-04-15 18:35:31 UTC
Earliest release date
2026-03-29

Alignment and QC

Length
197185 (98.1%)
# of SNPs
105
# of inserted bases
101
# of deleted bases
125
# of unknown bases
3780

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C4986T
  • G6324A
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • C24584T
  • G25661A
Deletions

602-609, 133177-133186, 179145-179243, 196610-196617
Insertions

ins_0:ATAAGTTTTAGTACATTAATATTAT, ins_133102:TTT, ins_136554:ATC, ins_140104:NNNNNNNNN, ins_173317:ATATATATATATATATATATATATATATATATATAT, ins_197209:ATAATATTAATGTACTAAAACTTAT

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG015

  • OPG015:E391K

OPG023

  • OPG023:P71S

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG040

  • OPG040:D299N

OPG043

  • OPG043:E44K

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N
  • OPG092:S284F

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG120

  • OPG120:D151N

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG143

  • OPG143:S363L

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG188

  • OPG188:E12K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG198

  • OPG198:S196L

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions

OPG153

ins_OPG153:385:D

OPG159

ins_OPG159:113:XXX

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue