This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_00J6QEL.1

Belgium/PPD_00J6QEL.1/2025-12-20
T. de Block, D. Jansen, K. Ramadan, J. Coppens, M. Van Esbroeck & K. Vercauteren

Institute of Tropical Medicine, Antwerpen

Sample details

Collection date
2025-12-20
Sampling location
Belgium
Isolate name
ITM_25123105

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-04-15 08:38insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2026-02-14
NCBI update date
2026-02-15

Host

Host

Submission details

Submission ID
OZ412553.1
Submitting group
Date submitted
2026-04-15 08:22:02 UTC
Date released
2026-04-15 16:04:34 UTC
Earliest release date
2026-02-14

Alignment and QC

Length
190788 (96.3%)
# of SNPs
96
# of unknown bases
825

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C882T
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • C3257T
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G12690A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25661A
  • C27826T
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L
  • OPG001:D232N

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N
  • OPG003:E451K

OPG023

  • OPG023:P71S

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG043

  • OPG043:E44K

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG089

  • OPG089:E109K

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L
  • OPG105:R1263K

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG120

  • OPG120:D151N

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG174

  • OPG174:D288N

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG188

  • OPG188:E12K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue