This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.
Portugal/PPD_00J6PSW.1/2025-12-30
J. Isidro, V. Borges, M. Pinto, D. Sobral, J. D. Santos, A. Nunes, V. Mixao, R. Ferreira, D. Santos, S. Duarte, L. Vieira, M. J. Borrego, S. Nuncio, I. L. de Carvalho, A. Pelerito, R. Cordeiro, J. P. Gomes, M. P. Duque, J. V. Martins, P. Vasconcelos, M. S. Nuncio, C. Roemer, R. A. Neher, M. O'Driscoll, ..., G. Freitas

Instituto Nacional de Saude Dr. Ricardo Jorge, Lisboa

Sample details

Collection date
2025-12-30
Sampling location
Portugal
Isolate name
Monkeypox_PT0951_2026

Data use terms

Data use terms
OPEN

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
E.1.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2026-02-09
NCBI update date
2026-02-10
Raw reads accession

Submission details

Submission ID
OZ409352.1
Date submitted
2026-04-15 08:22:02 UTC
Date released
2026-04-15 16:04:34 UTC
Earliest release date
2026-02-09

Alignment and QC

Length
195602 (97.8%)
# of SNPs
113
# of inserted bases
78
# of deleted bases
83
# of unknown bases
2651

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C4814T
  • C7771T
  • G9229A
  • G12285A
  • G13563A
  • G14000T
  • C14358T
  • G15428A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • G23110A
Deletions

133177-133186, 145746, 179172-179243
Insertions

ins_133102:TT, ins_173309:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG016

  • OPG016:R84K

OPG023

  • OPG023:R206C

OPG025

  • OPG025:D304N
  • OPG025:A423D
  • OPG025:P569S

OPG036

  • OPG036:M1I

OPG038

  • OPG038:S17L

OPG040

  • OPG040:G328E

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG049

  • OPG049:E131K

OPG053

  • OPG053:P78S
  • OPG053:D95N

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:R665C

OPG085

  • OPG085:R15W

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG124

  • OPG124:L16F

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG164

  • OPG164:D67N

OPG167

  • OPG167:T108I

OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

OPG180

  • OPG180:D59N

OPG181

  • OPG181:D218N

OPG185

  • OPG185:T258I

OPG188

  • OPG188:S32F
  • OPG188:E229K

OPG189

  • OPG189:R179K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG197

  • OPG197:D87N

OPG198

  • OPG198:E221K

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S1488L
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue