This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.
Portugal/PPD_00J6P2B.1/2025-12-17
J. Isidro, V. Borges, M. Pinto, D. Sobral, J. D. Santos, A. Nunes, V. Mixao, R. Ferreira, D. Santos, S. Duarte, L. Vieira, M. J. Borrego, S. Nuncio, I. L. de Carvalho, A. Pelerito, R. Cordeiro, J. P. Gomes, M. P. Duque, J. V. Martins, P. Vasconcelos, M. S. Nuncio, C. Roemer, R. A. Neher, M. O'Driscoll, ..., G. Freitas

Instituto Nacional de Saude Dr. Ricardo Jorge, Lisboa

Sample details

Collection date
2025-12-17
Sampling location
Portugal
Isolate name
Monkeypox_PT0943_2025

Data use terms

Data use terms
OPEN

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.4.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2026-02-05
NCBI update date
2026-02-09
Raw reads accession

Submission details

Submission ID
OZ408698.1
Date submitted
2026-04-15 08:22:02 UTC
Date released
2026-04-15 16:04:34 UTC
Earliest release date
2026-02-05

Alignment and QC

Length
195595 (97.7%)
# of SNPs
98
# of inserted bases
81
# of deleted bases
82
# of unknown bases
2953

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • C8722T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
Deletions

133177-133186, 179172-179243
Insertions

ins_133102:TT, ins_136554:ATC, ins_174076:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG037

  • OPG037:S347F

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:D54N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG113

  • OPG113:H218Y
  • OPG113:E467K

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG121

  • OPG121:E172K

OPG122

  • OPG122:R182Q

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG148

  • OPG148:G312S

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG175

  • OPG175:S29L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG205

  • OPG205:D330N

OPG209

  • OPG209:S30L

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions

OPG153

ins_OPG153:385:D

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue