This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_0074C31.1

Display Name: USA/PPD_0074C31.1/2025-10-20
E. B. Fox, J. M. Garrigues & N. M. Green

Sample details

Collection date
2025-10-20
Country
USA
Admin level 1
California
Isolate name
Monkeypox virus/Human/USA/CA-LACPHL-MA00793/2025

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-12-11 18:34insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
F.4.1

Authors

Author affiliations
Los Angeles County Department of Public Health, Los Angeles County Public Health Laboratories

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2025-12-09
NCBI update date
2025-12-09

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
197129
Completeness
97.51%
# of SNPs
93
# of inserted bases
47
# of deleted bases
127
# of ambiguous bases
2
# of unknown bases
4907
# of frame shifts
0
# of stop codons
0

Submission details

Submission ID
PX632622.1
Submitting group
Date submitted
2025-12-11 18:34:29 UTC
Date released
2025-12-11 18:40:22 UTC
Earliest release date
2025-12-09

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • C9000T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
    • Deletions
    602-609, 8055, 40817-40819, 133177-133186, 179127-179223, 196610-196617
    Insertions
    ins_0:ATATTAT, ins_133102:TTT, ins_150699:N, ins_173302:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG037

  • OPG037:S347F

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG065

  • OPG065:R28C

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:H218Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG123

  • OPG123:S163L

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q

    • OPG148

  • OPG148:G312S

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG175

  • OPG175:S29L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG198

  • OPG198:S179L

    • OPG199

  • OPG199:R326K

    • OPG205

  • OPG205:D330N
  • OPG205:S683L

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S815L
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG060:124
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue