This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the
example data
repository. This instance should not be used for analysis.
X
Pathoplexus
Organisms
Mpox Virus
SeqSets
News
About
Docs
Login
Pathoplexus
Organisms
Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus
Ebola Sudan
Ebola Zaire
HMPV
Measles Virus
Mpox Virus
RSV-A
RSV-B
West Nile Virus
SeqSets
News
About
Docs
Login
API docs
Governance
Funding
Contact
Status
Mpox Virus
|
Browse data
Submit sequences
PPD_006Y53L.1
Download
Download FASTA
Download metadata TSV
Display Name: Ireland/PPD_006Y53L.1/2025-08-25
M. Carr,
L. Fahey,
B. Keogan,
A. Rice,
D. Hare &
C. F. De Gascun
Sample details
Collection date
2025-08-25
Country
Ireland
Isolate name
GIRL00062253
Data use terms
Data use terms
OPEN
✕
Data use terms history
Changed
User
Data use terms
2025-10-04 18:42
insdc_ingest_user
OPEN
Close
(history)
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data
Clade & Lineage
Clade
Ib
Outbreak
None
Lineage
None
Authors
Author affiliations
National Viral Reference Laboratory, University College Dublin, Ireland, Dublin, Co. Dublin
INSDC
INSDC accession
OZ319638.1
BioProject accession
PRJEB89353
BioSample accession
SAMEA120226990
NCBI release date
2025-09-19
NCBI update date
2025-09-26
Host
Host taxon ID
9606
Host name - scientific
Homo sapiens
Alignment and QC metrics
Length
189681
Completeness
95.89%
# of SNPs
816
# of inserted bases
2677
# of deleted bases
3085
# of ambiguous bases
5
# of unknown bases
988
# of frame shifts
6
# of stop codons
1
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG153:370-371(nt:136556-136560),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667)
Stop Codons
OPG175:98
Submission details
Submission ID
OZ319638.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2025-10-04 18:42:10 UTC
Date released
2025-10-04 18:42:55 UTC
Earliest release date
2025-09-19
Nucleotide mutations
Mutations called relative to the
NC_063383.1
reference
Substitutions
T
720
C
G
749
A
A
1093
G
C
1201
T
A
1309
G
A
1504
G
A
1687
G
A
1813
C
T
1814
G
T
2086
G
G
2166
A
C
2391
A
T
2554
C
C
2659
T
G
2967
A
T
3099
G
C
3143
T
G
3145
A
Show more
Deletions
2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8499, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 29218-29223, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46589, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50527-50540, 50575, 50576, 132813, 133088-133102,...
Show more
Insertions
ins_755:ACA, ins_1351:NNNNNNNNNNNNNNN, ins_1697:A, ins_4598:T, ins_6256:TTT, ins_6527:T, ins_6644:A, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8603:NNNNNNNNNNNNNNTATATATATATATATATATATATA, ins_9264:A, ins_9568:TT, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_16543:ATTA, ins_16560:AT,...
Show more
Amino acid mutations
Mutations called relative to the
NC_063383.1
reference
Substitutions
OPG002
OPG002:
A
121
S
OPG002:
R
196
W
OPG002:
N
313
T
OPG005
OPG005:
S
3
F
OPG005:
N
74
D
OPG015
OPG015:
V
4
A
OPG015:
I
48
T
OPG015:
L
136
F
OPG015:
A
249
T
OPG016
OPG016:
S
63
A
OPG016:
E
80
V
OPG016:
D
121
E
OPG019
OPG019:
G
112
C
OPG019:
M
124
R
OPG021
OPG021:
V
38
I
OPG021:
S
219
L
OPG021:
K
230
R
OPG022
OPG022:
G
73
D
OPG023
OPG023:
M
109
I
OPG023:
V
174
A
OPG023:
A
193
S
OPG023:
S
258
L
OPG023:
Y
300
H
OPG023:
C
304
R
OPG023:
V
426
T
OPG023:
T
488
A
OPG023:
L
602
I
OPG023:
K
637
E
OPG024
OPG024:
S
32
G
OPG025
OPG025:
E
393
K
OPG025:
I
425
V
OPG027
OPG027:
I
47
V
OPG027:
V
126
I
OPG029
OPG029:
C
146
R
OPG030
OPG030:
N
12
D
OPG030:
S
113
N
OPG031
OPG031:
T
80
M
OPG031:
D
117
E
OPG031:
C
241
Y
OPG031:
M
271
K
OPG034
OPG034:
P
184
H
OPG034:
L
205
R
OPG036
OPG036:
S
11
P
OPG036:
V
17
I
OPG036:
D
25
E
OPG037
OPG037:
C
144
Y
OPG037:
C
415
R
OPG038
OPG038:
H
27
P
OPG038:
V
78
I
OPG039
OPG039:
C
279
Y
OPG040
OPG040:
M
160
I
OPG040:
P
254
A
OPG040:
Y
374
S
OPG042
OPG042:
T
159
I
OPG043
OPG043:
T
3
A
OPG043:
N
68
S
OPG044
OPG044:
V
63
A
OPG044:
T
109
A
OPG044:
M
148
L
OPG045
OPG045:
A
185
T
OPG046
OPG046:
S
95
N
OPG047
OPG047:
I
232
K
OPG049
OPG049:
E
17
V
OPG049:
M
37
V
OPG049:
T
263
M
OPG054
OPG054:
R
438
G
OPG056
OPG056:
S
139
L
OPG056:
V
323
A
OPG056:
C
622
Y
OPG059
OPG059:
I
26
L
OPG063
OPG063:
V
307
A
OPG064
OPG064:
A
88
S
OPG065
OPG065:
A
17
T
OPG065:
N
23
D
OPG065:
H
61
N
OPG066
OPG066:
K
83
R
OPG066:
H
97
N
OPG066:
K
140
N
OPG066:
L
222
I
OPG068
OPG068:
P
251
S
OPG068:
D
341
E
OPG070
OPG070:
Y
12
H
OPG070:
H
205
Y
OPG071
OPG071:
L
411
W
OPG071:
I
428
T
OPG071:
A
484
S
OPG071:
I
501
V
OPG072
OPG072:
V
10
I
OPG074
OPG074:
N
199
D
OPG074:
I
441
V
OPG076
OPG076:
S
20
N
OPG079
OPG079:
C
45
Y
OPG080
OPG080:
D
321
E
OPG080:
C
382
S
OPG080:
L
521
P
OPG080:
P
582
H
OPG080:
D
652
N
OPG084
OPG084:
S
211
T
OPG084:
Q
620
R
OPG085
OPG085:
S
79
T
OPG085:
T
328
A
OPG085:
F
591
V
OPG089
OPG089:
D
303
E
OPG091
OPG091:
V
62
I
OPG091:
S
73
N
OPG092
OPG092:
L
78
F
OPG092:
I
244
N
OPG094
OPG094:
R
175
T
OPG096
OPG096:
I
68
M
OPG096:
L
75
P
OPG100
OPG100:
R
134
H
OPG100:
K
152
Q
OPG101
OPG101:
T
153
A
OPG102
OPG102:
I
249
V
OPG104
OPG104:
T
12
A
OPG105
OPG105:
V
113
G
OPG105:
I
1070
V
OPG108
OPG108:
V
4
A
OPG108:
T
111
I
OPG109
OPG109:
E
308
K
OPG109:
R
364
S
OPG109:
A
622
T
OPG109:
A
630
T
OPG111
OPG111:
I
77
V
OPG112
OPG112:
H
34
R
OPG113
OPG113:
V
537
I
OPG117
OPG117:
D
454
N
OPG118
OPG118:
K
256
R
OPG118:
N
413
S
OPG118:
V
462
A
OPG118:
K
606
E
OPG120
OPG120:
A
19
T
OPG120:
S
124
L
OPG123
OPG123:
I
172
T
OPG123:
A
313
T
OPG123:
C
436
Y
OPG125
OPG125:
E
111
D
OPG125:
T
493
M
OPG125:
I
514
V
OPG126
OPG126:
A
26
S
OPG130
OPG130:
T
63
V
OPG130:
T
122
A
OPG130:
L
270
I
OPG133
OPG133:
F
594
S
OPG134
OPG134:
E
226
D
OPG135
OPG135:
V
90
E
OPG136
OPG136:
A
229
T
OPG136:
D
267
N
OPG136:
F
283
Y
OPG136:
M
740
I
OPG140
OPG140:
P
39
H
OPG144
OPG144:
T
184
I
OPG145
OPG145:
P
76
Q
OPG145:
I
249
V
OPG145:
I
264
T
OPG145:
A
348
P
OPG145:
Q
463
R
OPG148
OPG148:
I
313
S
OPG150
OPG150:
D
32
N
OPG150:
N
100
D
OPG150:
D
256
E
OPG151
OPG151:
D
6
V
OPG151:
R
273
Q
OPG151:
N
282
D
OPG153
OPG153:
M
14
T
OPG153:
I
355
T
OPG153:
Y
358
H
OPG153:
Q
493
P
OPG154
OPG154:
R
74
H
OPG154:
H
107
R
OPG156
OPG156:
Y
42
S
OPG156:
T
222
A
OPG157
OPG157:
M
24
V
OPG159
OPG159:
T
2
A
OPG159:
L
36
S
OPG160
OPG160:
P
2
S
OPG161
OPG161:
K
67
E
OPG161:
V
88
A
OPG163
OPG163:
V
46
A
OPG164
OPG164:
I
111
V
OPG164:
N
131
I
OPG165
OPG165:
D
106
N
OPG165:
S
161
L
OPG167
OPG167:
Y
107
S
OPG167:
I
112
V
OPG170
OPG170:
G
31
D
OPG170:
V
96
I
OPG170:
M
111
I
OPG172
OPG172:
A
125
V
OPG172:
M
145
T
OPG172:
Y
160
D
OPG173
OPG173:
N
21
S
OPG174
OPG174:
R
315
C
OPG175
OPG175:
V
3
I
OPG175:
Q
98
*
OPG176
OPG176:
D
24
N
OPG176:
L
227
S
OPG178
OPG178:
I
139
V
OPG181
OPG181:
L
85
M
OPG181:
S
127
Y
OPG185
OPG185:
T
167
A
OPG185:
D
177
E
OPG185:
I
205
T
OPG185:
T
239
I
OPG187
OPG187:
K
300
*
OPG188
OPG188:
S
227
F
OPG188:
V
265
I
OPG188:
S
419
R
OPG189
OPG189:
K
185
R
OPG189:
C
506
H
OPG191
OPG191:
P
50
Q
OPG191:
F
80
C
OPG192
OPG192:
G
100
E
OPG193
OPG193:
I
108
R
OPG195
OPG195:
C
120
S
OPG197
OPG197:
M
1
I
OPG197:
S
18
T
OPG198
OPG198:
N
71
D
OPG198:
I
100
V
OPG198:
Q
133
R
OPG199
OPG199:
D
208
N
OPG199:
K
230
E
OPG200
OPG200:
E
134
G
OPG204
OPG204:
N
178
K
OPG205
OPG205:
W
169
R
OPG205:
C
349
Y
OPG205:
G
354
S
OPG205:
V
621
A
OPG205:
V
690
A
OPG205:
R
733
Q
OPG208
OPG208:
A
34
V
OPG208:
I
142
T
OPG208:
T
300
A
OPG208:
V
311
A
OPG209
OPG209:
I
11
V
OPG209:
L
21
F
OPG210
OPG210:
F
3
L
OPG210:
A
98
D
OPG210:
V
173
I
OPG210:
K
331
N
OPG210:
N
334
I
OPG210:
H
363
R
OPG210:
D
379
G
OPG210:
A
475
V
OPG210:
V
515
A
OPG210:
S
781
P
OPG210:
V
788
A
OPG210:
T
928
A
OPG210:
E
1057
D
OPG210:
A
1305
T
OPG210:
L
1704
R
OPG210:
D
1717
G
Deletions
OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG045:16, OPG045:17, OPG049:314, OPG180:555, OPG191:166, OPG210:734
Insertions
ins_OPG001:75:XXXXX, ins_OPG047:483:X, ins_OPG110:79:EEV, ins_OPG153:369:D, ins_OPG172:3:MM, ins_OPG197:35:TDTDTDTDTDTDTDTDTDTDTDTD
Load sequences
Report an issue with this sequence or metadata
Create GitHub issue