This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_006Y4ZU.1

Display Name: Ireland/PPD_006Y4ZU.1/2025-08-16
M. Carr, L. Fahey, B. Keogan, A. Rice, D. Hare & C. F. De Gascun

Sample details

Collection date
2025-08-16
Country
Ireland
Isolate name
GIRL00060147

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-10-04 18:42insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
A.2.2

Authors

Author affiliations
National Viral Reference Laboratory, University College Dublin, Ireland, Dublin, Co. Dublin

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2025-09-19
NCBI update date
2025-09-26

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
190697
Completeness
93.06%
# of SNPs
68
# of inserted bases
1
# of deleted bases
34
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
7204
# of frame shifts
2
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG153:386-510(nt:136138-136512),OPG174:290-347(nt:148355-148528)

Submission details

Submission ID
OZ319634.1
Submitting group
Date submitted
2025-10-04 18:42:10 UTC
Date released
2025-10-04 18:42:55 UTC
Earliest release date
2025-09-19

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G4969A
  • C5079T
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C12144T
  • G12325A
  • C13298T
  • C14790T
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
  • T28175C
  • C30636T
  • C32530T
  • G32868A
    • Deletions
    136513-136531, 148529-148535, 163207-163214
    Insertions
    ins_170904:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D360N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:D253N
  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG049

  • OPG049:S95L
  • OPG049:D208N

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG063

  • OPG063:D362N

    • OPG064

  • OPG064:T352R

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG198

  • OPG198:D94N

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1245N
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG153:380-385, OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue