This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_006Y1RD.1

Display Name: USA/PPD_006Y1RD.1/2025-08-21
S. Green, K. Kunstman, H. Barbian, F. Araujo Perez, A. Kittner, S. Bobrovska & E. Newcomer

Sample details

Collection date
2025-08-21
Country
USA
Admin level 1
IL, Chicago
Isolate name
hMpxV/USA/IL-RIPHL-050-0253/2025

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-09-30 20:45insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
F.4.1

Authors

Author affiliations
Rush University Medical Center, Regional Innovative Public Health Laboratory (RIPHL)

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2025-09-30
NCBI update date
2025-09-30

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
196289
Completeness
98.55%
# of SNPs
96
# of inserted bases
49
# of deleted bases
129
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
2022
# of frame shifts
0
# of stop codons
0

Submission details

Submission ID
PX439636.1
Submitting group
Date submitted
2025-09-30 20:45:17 UTC
Date released
2025-09-30 20:45:47 UTC
Earliest release date
2025-09-30

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • C9000T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
    • Deletions
    602-609, 8055, 40817-40819, 133177-133186, 179145-179243, 196610-196617
    Insertions
    ins_133102:TTT, ins_173360:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG037

  • OPG037:S347F

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG065

  • OPG065:R28C

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:H218Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG123

  • OPG123:S163L

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG148

  • OPG148:G312S

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG175

  • OPG175:S29L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG198

  • OPG198:S179L

    • OPG199

  • OPG199:R326K

    • OPG205

  • OPG205:D330N
  • OPG205:S683L

    • OPG209

  • OPG209:S30L

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S815L
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG060:124
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue