This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_0063SNK.1

Display Name: Ireland/PPD_0063SNK.1/2025-06-09
L. Fahey, M. Carr, A. Rice, B. Keogan, D. Hare & C. F. De Gascun

Sample details

Collection date
2025-06-09
Collection date (lower bound)
2025-06-09
Collection date (upper bound)
2025-06-09
Isolate name
hMPXV/Ireland/NVRL-GIRL00044316/2025
Collection country
Ireland

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-08-23 18:34insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
F.4.1

Authors

Author affiliations
National Viral Reference Laboratory, University College Dublin, Ireland, Dublin, Co. Dublin

INSDC

NCBI release date
2025-08-11
NCBI update date
2025-08-11
BioProject accession
BioSample accession
INSDC accession

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Total stop codons
1
Stop codons
OPG178:40
Length
190702
Total SNPs
85
Total inserted nucs
0
Total deleted nucs
26
Total ambiguous nucs
0
Total unknown nucs
14313
Total frame shifts
0
Completeness
89.46%

Submission details

Submission ID
OZ304617.1
Submitting group
Date submitted
2025-08-23 18:34:36 UTC
Date released
2025-08-27 19:26:07 UTC
Earliest release date
2025-08-11

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • G6788A
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • C16616T
  • A18769G
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
    • Deletions
    602-609, 62041, 133177-133186, 150561-150567
    Insertions
    None

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG029

  • OPG029:D152N

    • OPG037

  • OPG037:S347F

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:D54N

    • OPG084

  • OPG084:S511F

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:H218Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG121

  • OPG121:E172K

    • OPG131

  • OPG131:D5N

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG148

  • OPG148:G312S

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG175

  • OPG175:S29L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG178

  • OPG178:Q40*

    • OPG198

  • OPG198:E247K

    • OPG204

  • OPG204:E214K

    • OPG205

  • OPG205:D330N

    • OPG209

  • OPG209:S30L

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue