This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_0063PPL.1

Display Name: USA/PPD_0063PPL.1/2025-07
L. Gagne, M. Doucette, E. Fortes, S. Bhattacharya & N. Epie

Sample details

Collection date
2025-07
Collection date (lower bound)
2025-07-01
Collection date (upper bound)
2025-07-31
Collection subdivision level 1
MA
Isolate name
MPXV_USA_2025_MA0235
Collection country
USA

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-08-18 20:44insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
E.3.1

Authors

Author affiliations
Massachusetts State Public Health Laboratory, Department of Public Health

INSDC

NCBI release date
2025-08-18
NCBI update date
2025-08-18
BioProject accession
BioSample accession
INSDC accession

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Total stop codons
1
Stop codons
OPG031:168
Length
195236
Total SNPs
114
Total inserted nucs
2513
Total deleted nucs
2941
Total ambiguous nucs
3
Total unknown nucs
2603
Total frame shifts
0
Completeness
97.90%

Submission details

Submission ID
PX132900.1
Submitting group
Date submitted
2025-08-18 20:44:41 UTC
Date released
2025-08-27 19:26:07 UTC
Earliest release date
2025-08-18

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • G18327A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • C26734T
  • T28175C
  • G30367A
    • Deletions
    4727-4806, 133094-133108, 133177-133186, 133493-133945, 150586-150593, 156371-158634, 174048-174064, 174531-174536, 179227-179234, 192451-192530
    Insertions
    ins_6976:ATCATTATT, ins_10453:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_18902:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG031

  • OPG031:Q168*

    • OPG036

  • OPG036:M1I

    • OPG042

  • OPG042:D122N

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:L56F
  • OPG074:R665C

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:S80L
  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG101

  • OPG101:M139I

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:E831K

    • OPG118

  • OPG118:S478L
  • OPG118:K606E

    • OPG123

  • OPG123:P615S

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG133

  • OPG133:D411N
  • OPG133:M580I

    • OPG136

  • OPG136:D98N
  • OPG136:V886I

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG164

  • OPG164:S7L

    • OPG174

  • OPG174:P39L

    • OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:D140N
  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:D59N

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG195

  • OPG195:R170Q

    • OPG198

  • OPG198:S179L

    • OPG205

  • OPG205:E452K

    • OPG208

  • OPG208:E14K

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S1466R
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    ins_OPG110:100:XXX, ins_OPG153:385:XXXX, ins_OPG197:35:XXXXXXXXXXSDTDTDTDTDTDTDTDTD

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue