This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_0062XA7.1

Display Name: Portugal/PPD_0062XA7.1/2025-05-20
J. Isidro, V. Borges, M. Pinto, D. Sobral, J. D. Santos, A. Nunes, V. Mixao, R. Ferreira, D. Santos, S. Duarte, L. Vieira, M. J. Borrego, S. Nuncio, I. L. de Carvalho, A. Pelerito, R. Cordeiro, J. P. Gomes, M. P. Duque, J. V. Martins, P. Vasconcelos, M. S. Nuncio, C. Roemer, R. A. Neher, M. O'Driscoll, ...; G. Freitas

Submission details

Submission ID
OZ278186.1
Submitting group
Date submitted
2025-07-08 18:36:07 UTC
Date released
2025-07-08 18:36:39 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-07-08 18:36insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Instituto Nacional de Saude Dr. Ricardo Jorge, Lisboa

INSDC

BioProject accession
BioSample accession
INSDC accession
Raw reads accession
NCBI release date
2025-06-30
NCBI update date
2025-07-01

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
F.4
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
90.92%
Length
196316
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
79
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
78
Total SNPs
89
Total stop codons
0
Total unknown nucs
17014

Sample details

Earliest release date
2025-06-30
Collection country
Portugal
Collection date
2025-05-20
Collection date (lower bound)
2025-05-20
Collection date (upper bound)
2025-05-20
Isolate name
Monkeypox_PT0853_2025

Host

Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G10790A
  • G14000T
  • G15428A
  • C16227T
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22529T
  • C23564T
  • T28175C
  • C29199T
  • G30367A
    • Deletions
    666, 667, 136552-136554, 179172-179243, 196616, 196617
    Insertions
    ins_133137:NN, ins_174079:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG027

  • OPG027:D51N

    • OPG038

  • OPG038:E211K

    • OPG045

  • OPG045:E22K

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG104

  • OPG104:D25N

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:H218Y

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG148

  • OPG148:G312S

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG154

  • OPG154:A91V

    • OPG175

  • OPG175:S29L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:R34K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG205

  • OPG205:D330N

    • OPG210

  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG153:385
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue