This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_0062UAA.1

Display Name: Guinea/PPD_0062UAA.1/2025-06-13
T. A. C. Gnimadi, A. K. Soumah, H. Diallo, J. B. Koivogui, A. K. Keita, A. B. Diallo & A. Toure

Submission details

Submission ID
OZ281547.1
Submitting group
Date submitted
2025-07-08 12:39:22 UTC
Date released
2025-07-08 12:39:39 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-07-08 12:39insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Centre de recherche et de formation en Infectiologie de Guinee , Conakry, Conakry

INSDC

BioProject accession
BioSample accession
INSDC accession
NCBI release date
2025-07-04
NCBI update date
2025-07-07

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
A.2.2
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
97.93%
Frame shifts
OPG047:483(nt:29746-29748),OPG135:85-101(nt:116609-116660),OPG174:290-347(nt:148355-148528)
Length
200353
Total ambiguous nucs
3
Total deleted nucs
143
Total frame shifts
3
Total inserted nucs
3287
Total SNPs
79
Total stop codons
0
Total unknown nucs
4084

Sample details

Earliest release date
2025-07-04
Collection subdivision level 1
Conakry; Gbessia; Conakry
Collection country
Guinea
Collection date
2025-06-13
Collection date (lower bound)
2025-06-13
Collection date (upper bound)
2025-06-13
Isolate name
Mpox-010_CERFIG

Host

Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G4969A
  • C6105T
  • C6129T
  • A6457G
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
    • Deletions
    607-609, 133090-133102, 136540-136554, 146880-146886, 148529-148535, 150586-150593, 163193-163197, 169757-169774, 173282-173317, 174531-174542, 179068, 179069, 179235-179243, 189778-189781, 192403, 196615-196617
    Insertions
    ins_0:ATAATATTAATGTACTAAAACTTATGTATTATTAATTTATCTAACTAAAGTTAGTAAATTATATACATAATTTTATAATTAATTTA, ins_29748:NNNNN, ins_6765:TGGTGYCGTGAATGAGGAATGAGAGTGTCTCTCGTCCTTGGTTTACATGGATCAGAGTGAGAAAAAATATCTTGTATATTATTAACTAACAACCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D10N
  • OPG015:D18N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG031

  • OPG031:D13N

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG049

  • OPG049:S95L

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG106

  • OPG106:R29K

    • OPG112

  • OPG112:E85K

    • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG136

  • OPG136:A327T

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG172

  • OPG172:E56K

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG198

  • OPG198:E57K

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG153:381-385, OPG174:288, OPG174:289, OPG197:30-35
    Insertions
    ins_OPG001:89:XXXXXX, ins_OPG047:483:X

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue