This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_0062FL2.1

Display Name: Sierra_Leone/PPD_0062FL2.1/2025-05-07
Campbell, A. K.; Parker, E.; Miller, C.; Campbell, J.; Folorunso, V.; Daniel-Sesay, N.; Williams, A. J.; Mani, S.; Lansana, R.; Kargbo, A.; Koninga, K.; Adi, H.; Ruhweza, S.; James, A.; Greene, J.; Forster, M.; Klena, J.; Gigante, C.; Park, D.; Kebede, A.; Tanui, C.; Tessema, S.; Kebede, Y.; Koroma, A.; ...; Sahr, F.

Submission details

Submission ID
OZ261958.1
Submitting group
Date submitted
2025-06-04 04:52:47 UTC
Date released
2025-06-04 04:53:40 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-06-04 04:52insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Central Public Health Reference Laboratory, Freetown

INSDC

BioProject accession
BioSample accession
INSDC accession
NCBI release date
2025-06-03
NCBI update date
2025-06-04

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
A.2.2
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
100.00%
Frame shifts
OPG174:290-347(nt:148355-148528)
Length
197180
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
30
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
1
Total SNPs
83
Total stop codons
0
Total unknown nucs
0

Sample details

Earliest release date
2025-06-03
Collection subdivision level 1
Western Area Urban; Freetown; Freetown
Collection country
Sierra Leone
Collection date
2025-05-07
Collection date (lower bound)
2025-05-07
Collection date (upper bound)
2025-05-07

Host

Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C4611T
  • G4969A
  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • C18428T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
    • Deletions
    607-609, 136546-136554, 148529-148535, 163207-163214, 196615-196617
    Insertions
    ins_170904:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D18N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG031

  • OPG031:D13N
  • OPG031:R134Q

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG049

  • OPG049:S95L

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG055

  • OPG055:S200L

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG106

  • OPG106:R29K

    • OPG112

  • OPG112:E85K

    • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG123

  • OPG123:R501K

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG136

  • OPG136:A327T

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG162

  • OPG162:V9I

    • OPG172

  • OPG172:E56K

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*
  • OPG176:S195F

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG198

  • OPG198:E57K

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG153:383-385, OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue