This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

Display Name: Canada/PPD_0049CRH.1/2025-01-01
Audet, J.; Soriano, K.; Chan, M.; Prevost, J.; Strong, J.

Submission details

Submission ID
OZ245035.1
Date submitted
2025-03-22 18:32:30 UTC
Date released
2025-03-22 18:32:47 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Authors

Author affiliations
National Microbiology Laboratory

INSDC

Bioproject accession
Biosample accession
INSDC accession
NCBI release date
2025-03-21
NCBI update date
2025-03-22

Clade & Lineage

Clade
Ib
Lineage
None
Outbreak
None

Alignment and QC metrics

Completeness
98.13%
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG153:370-371(nt:136556-136560),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)
Length
195413
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
3291
Total frame shifts
8
Total inserted nucs
1495
Total SNPs
840
Total stop codons
0
Total unknown nucs
3689

Sample details

Earliest release date
2025-03-21
Collection country
Canada
Collection date
2025-01
Collection date (lower bound)
2025-01-01
Collection date (upper bound)
2025-01-31

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • T466C
  • G475A
  • C630A
  • T720C
  • G749A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • A1504G
  • G1657A
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • G2967A
  • Deletions
    600-609, 2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8499, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 17877-17884, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 29218-29223, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46589, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 136555, 140134-140142, 142755, 143168-143215, 143459, 145892, 145979-145981, 146084, 146085, 146870, 146871, 146884-146888, 146969, 150539, 150582-150595, 150634, 150635, 151022-151026, 151043, 152267-152269, 154354, 154355, 155424, 156210, 156371-158634, 160043, 163203-163214, 166656, 166657, 166712, 169530, 170918, 173286-173317, 173501, 173502, 173745, 174531-174542, 178328, 179181-179243, 181114-181122, 181190-181209, 183555-183557, 187207, 187775, 189744, 190198, 190199, 190402, 192435-192517, 194969-194971, 196608-196617
    Insertions
    ins_170935:GATATCT, ins_6644:A, ins_47935:TGAGTAAAATCAAACACAAAATCTTCGTTCAAACTTAATCTTATTAGAATATTAGTGGAAGAAAGATTCTATAATAATGAATGCAGAGATTATAAATGGAGAATAATTGGAACACAAGTTGATAAAATATTGATAGCTAAATATACAATAGATGCAATGTATCGCATAAGACCGATATATAATACAAAGCAGTACAGATACAATGATGATGTAGAAAATGGATTCATTGGATTGGATAAACTAAAATTAAA, ins_146092:C, ins_152676:A, ins_1697:A, ins_155809:T, ins_160038:A, ins_148280:G, ins_45965:A, ins_187083:A, ins_9264:A, ins_172092:A, ins_132445:TATCAAGAT, ins_173690:T, ins_7435:GTA, ins_175631:TTA, ins_62041:A, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_189180:A, ins_6256:TTT, ins_168181:A, ins_169600:ATGA, ins_192611:A, ins_146933:A, ins_146045:ATTACAATACATTTTTATCATAACA, ins_6527:T, ins_169774:ACAGAT, ins_188635:T, ins_172054:TAGTT, ins_156002:AC, ins_143413:TAA, ins_188578:G, ins_136539:TATGAT, ins_197209:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_147435:ATGATGATGATGATGATGATG, ins_173154:T, ins_631:GAGAGAA, ins_29766:TTCCA, ins_178158:TT, ins_89868:GAAGAAGTA, ins_196580:CTCTCTT, ins_160022:CGA, ins_22482:TTCTATTTCTAT, ins_195519:T, ins_0:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_187944:A, ins_181317:TA, ins_150568:G, ins_51416:T, ins_188360:ATATA, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_8608:ATATATATATATAT, ins_174466:T, ins_155502:GAT, ins_19350:T, ins_168226:T, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_148351:AA, ins_178048:TT, ins_136560:C, ins_23184:TACGATGCAATGAGTAAGACAATAG, ins_755:ACA, ins_25551:TGT, ins_18902:GGCTGTCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTCGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGAAGTTTTCCGTTTGATATAGGATGTGGACATTTAACAATCTGACACGTGGGTGGATATGCGCCTGAATATCTAGGAGTGATTAAGTTTGGAAGTCTTTTCCATTTCGAAGTGCCGTGTTTCAAATATTCTGCTATACCCGTTGAAATAGAAAATTCTAATCCTCCTATTACATATAACTTTCCATCGTTAACACAAGTACTAACTTCTGATTTTAACGACGACATATTAGTAACCGTTTCCATTTTTTTTTGTTTTAAGATCTACCCGCGATACGGAATAAACATGTCTATTGTTAATCATGCCGCCAATAATGTATAGACAATTATGTAAAACATTTGCATCATAGAATTGTCTATCTTCTGTATTACCGACTATCGTCCAATATTCTGTTCTAGGAGAGTAATGGGTTATTGTGGATATATAATCAGAGTTTTTAATGACTACTATATTATGTTTTATACCATTTCGTGTCACAGCTTTGTAGATTTGGATATAGTTAATCCCAACAATGCTATAGCATTGCATATAGCATTAGTCATAAACTTGGGATGTAAAATGTTGATGATATCTACATCGTTTGGATTTTTATGTATCCACTTTAATAATATTATAGCGTAACATCCTCATGATTTACGTTAACGTTTTCGTGTGATAAGATAGTGGTCAGTTCATCCTTTGATAATTTTCCAAATTC, ins_190059:CA, ins_4598:T, ins_6983:T, ins_47779:ATT, ins_196454:TGT, ins_9568:TT, ins_146073:A, ins_152182:GC, ins_190959:AAA

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T
  • OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D
  • OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:I48T
  • OPG015:L136F
  • OPG015:A249T
  • OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E
  • OPG019

  • OPG019:G112C
  • OPG019:M124R
  • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R
  • OPG022

  • OPG022:G73D
  • OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E
  • OPG024

  • OPG024:S32G
  • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V
  • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG034

  • OPG034:P184H
  • OPG034:L205R
  • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:V17I
  • OPG036:D25E
  • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R
  • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I
  • OPG039

  • OPG039:C279Y
  • OPG040

  • OPG040:M160I
  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S
  • OPG042

  • OPG042:T159I
  • OPG043

  • OPG043:T3A
  • OPG043:N68S
  • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L
  • OPG045

  • OPG045:A185T
  • OPG046

  • OPG046:S95N
  • OPG047

  • OPG047:I232K
  • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M
  • OPG054

  • OPG054:R438G
  • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:C622Y
  • OPG059

  • OPG059:I26L
  • OPG063

  • OPG063:V307A
  • OPG064

  • OPG064:A88S
  • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N
  • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N
  • OPG066:K140N
  • OPG066:L222I
  • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E
  • OPG070

  • OPG070:Y12H
  • OPG070:H205Y
  • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V
  • OPG072

  • OPG072:V10I
  • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V
  • OPG076

  • OPG076:S20N
  • OPG079

  • OPG079:C45Y
  • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H
  • OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R
  • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V
  • OPG089

  • OPG089:D303E
  • OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N
  • OPG092

  • OPG092:I244N
  • OPG094

  • OPG094:R175T
  • OPG096

  • OPG096:I68M
  • OPG096:L75P
  • OPG100

  • OPG100:R134H
  • OPG100:K152Q
  • OPG101

  • OPG101:T153A
  • OPG102

  • OPG102:I249V
  • OPG104

  • OPG104:T12A
  • OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V
  • OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I
  • OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T
  • OPG111

  • OPG111:I77V
  • OPG112

  • OPG112:H34R
  • OPG113

  • OPG113:V537I
  • OPG117

  • OPG117:D454N
  • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E
  • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:S124L
  • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y
  • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:T493M
  • OPG125:I514V
  • OPG126

  • OPG126:A26S
  • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I
  • OPG133

  • OPG133:F594S
  • OPG134

  • OPG134:E226D
  • OPG135

  • OPG135:V90E
  • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y
  • OPG136:M740I
  • OPG140

  • OPG140:P39H
  • OPG144

  • OPG144:T184I
  • OPG145

  • OPG145:P76Q
  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R
  • OPG148

  • OPG148:I313S
  • OPG150

  • OPG150:D32N
  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E
  • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:R273Q
  • OPG151:N282D
  • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P
  • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R
  • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A
  • OPG157

  • OPG157:M24V
  • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S
  • OPG160

  • OPG160:P2S
  • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A
  • OPG163

  • OPG163:V46A
  • OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H
  • OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L
  • OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V
  • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:V96I
  • OPG170:M111I
  • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D
  • OPG173

  • OPG173:N21S
  • OPG174

  • OPG174:R315C
  • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:A189T
  • OPG176:L227S
  • OPG178

  • OPG178:I139V
  • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y
  • OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T
  • OPG185:T239I
  • OPG187

  • OPG187:K300*
  • OPG188

  • OPG188:S227F
  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R
  • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H
  • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C
  • OPG192

  • OPG192:G100E
  • OPG193

  • OPG193:I108R
  • OPG195

  • OPG195:C120S
  • OPG197

  • OPG197:M1I
  • OPG197:S18T
  • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R
  • OPG199

  • OPG199:K230E
  • OPG200

  • OPG200:E134G
  • OPG204

  • OPG204:N178K
  • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A
  • OPG205:R733Q
  • OPG208

  • OPG208:A34V
  • OPG208:I142T
  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A
  • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F
  • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:A475V
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:E1057D
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • Deletions
    OPG002:172, OPG045:16, OPG045:17, OPG049:314, OPG159:124-126, OPG164:131-146, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG197:35:TD, ins_OPG164:212:*, ins_OPG153:376:II, ins_OPG172:3:MMMMMMM, ins_OPG047:483:X, ins_OPG110:79:EEV

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue