This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_0048P0R.1

Display Name: Portugal/PPD_0048P0R.1/2025-01-09
Sobral, D.; Cordeiro, R.; Coelho, L.; Ferreira, R.; Borges, V.; Gomes, J. P.

Submission details

Submission ID
OZ222690.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2025-02-12 01:41:40 UTC
Date released
2025-02-12 01:41:47 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-02-12 01:41insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
Instituto Nacional de Saude Dr. Ricardo Jorge, Lisboa

INSDC

Bioproject accession
PRJEB85694
Biosample accession
SAMEA117683825
INSDC accession
OZ222690.1
NCBI release date
2025-02-08
NCBI update date
2025-02-09

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
E.1
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
98.32%
Length
197223
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
84
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
98
Total SNPs
103
Total stop codons
0
Total unknown nucs
3313

Sample details

Earliest release date
2025-02-08
Collection country
Portugal
Collection date
2025-01-09
Collection date (lower bound)
2025-01-09
Collection date (upper bound)
2025-01-09

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G9229A
  • G12285A
  • G13563A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G19914A
  • C21062T
  • G21723A
  • G23110A
  • C23564T
    • Deletions
    133177-133186, 179172-179243, 196686, 196687
    Insertions
    ins_173312:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_0:NNNNNNNNN, ins_197209:NNNNNNNNNNN, ins_133102:TT

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG023

  • OPG023:R206C

    • OPG025

  • OPG025:A423D
  • OPG025:P569S

    • OPG034

  • OPG034:S31F

    • OPG036

  • OPG036:M1I

    • OPG038

  • OPG038:S17L

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG059

  • OPG059:E30K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:R665C

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG164

  • OPG164:D67N

    • OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:D59N

    • OPG181

  • OPG181:D218N

    • OPG185

  • OPG185:T258I

    • OPG188

  • OPG188:E229K

    • OPG189

  • OPG189:R179K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S1488L
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue