This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

Display Name: Thailand/PPD_0048CAG.1/2025-01-06
Nitiyanontakij, R.; Reawrang, S.; Kaewsawang, P.; Suwanwattana, P.; Prasithsirikul, W.; Sunchatawirul, K.

Submission details

Submission ID
PQ963869.1
Date submitted
2025-01-28 03:34:11 UTC
Date released
2025-01-28 03:34:36 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Authors

Author affiliations
Bamrasnaradura infectious diseases institute, Department of Disease Control

Clade & Lineage

Clade
Ib
Lineage
None
Outbreak
None

Alignment and QC metrics

Completeness
99.99%
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG153:370-371(nt:136556-136560),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)
Length
195645
Stop codons
OPG175:98
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
3210
Total frame shifts
8
Total inserted nucs
1658
Total SNPs
862
Total stop codons
1
Total unknown nucs
0

Sample details

Earliest release date
2025-01-27
Collection country
Thailand
Collection date
2025-01-06
Collection date (lower bound)
2025-01-06
Collection date (upper bound)
2025-01-06
Isolate name
hMpxV/Thailand/DDCBIDI-001/2025

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2025-01-27
NCBI update date
2025-01-27

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • T128C
  • T466C
  • G475A
  • C630A
  • T720C
  • G749A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • A1504G
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • G2967A
  • Deletions
    600-609, 2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8499, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 29218-29223, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46589, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 136555, 140134-140142, 142755, 143168-143215, 143459, 145892, 145979-145981, 146084, 146085, 146870, 146871, 146884-146888, 146969, 150539, 150570, 150634, 150635, 151022-151026, 151043, 152267-152269, 154354, 154355, 155424, 156210, 156371-158634, 160043, 163203-163214, 166656, 166657, 166712, 169530, 170918, 173304-173317, 173501, 173502, 173745, 174531-174542, 178328, 179189-179197, 181114-181122, 181190-181209, 183555-183557, 187207, 187775, 189744, 190198, 190199, 190402, 192435-192517, 194969-194971, 196608-196617
    Insertions
    ins_170935:GATATCT, ins_6644:A, ins_47935:TGAGTAAAATCAAACACAAAATCTTCGTTCAAACTTAATCTTATTAGAATATTAGTGGAAGAAAGATTCTATAATAATGAATGCAGAGATTATAAATGGAGAATAATTGGAACACAAGTTGATAAAATATTGATAGCTAAATATACAATAGATGCAATGTATCGCATAAGACCGATATATAATACAAAGCAGTACAGATACAATGATGATGTAGAAAATGGATTCATTGGATTGGATAAACTAAAATTAAA, ins_146092:C, ins_1697:A, ins_155809:T, ins_178048:TT, ins_160038:A, ins_148280:G, ins_9568:TT, ins_45965:A, ins_187083:A, ins_172092:A, ins_132445:TATCAAGAT, ins_173690:T, ins_7435:GTA, ins_175631:TTA, ins_62041:A, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_189180:A, ins_150598:TAT, ins_168181:A, ins_169600:ATGA, ins_8608:ATATATATATATATAT, ins_187944:A, ins_156002:AC, ins_150585:G, ins_152676:A, ins_169750:GATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGATACAGAT, ins_147435:ATGATGATGATGATGATGATG, ins_188635:T, ins_172054:TAGTT, ins_181317:TA, ins_192611:A, ins_146933:A, ins_16543:ATTA, ins_173154:T, ins_631:GAGAGAA, ins_29766:TTCCA, ins_178158:TT, ins_89868:GAAGAAGTA, ins_136560:CATCATCATC, ins_160022:CGA, ins_196580:CTCTCTT, ins_22482:TTCTATTTCTAT, ins_195519:T, ins_136539:TATGAT, ins_6256:TTT, ins_143413:TAA, ins_188578:G, ins_146045:ATTACAATACATTTTTATCATAACA, ins_6527:T, ins_197116:AGTCGTAAAAAGTTTTTATCCTTTCTCTCTTCGATGGGTCTCACAAAAATATTAAACCTCTTTCTGATGG, ins_146073:A, ins_190959:AAA, ins_152182:GC, ins_9264:A, ins_16407:GTGT, ins_188360:ATATA, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_174466:T, ins_155502:GAT, ins_19350:T, ins_168226:T, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16560:AT, ins_148351:AA, ins_213:GATAAAAACTTTTTACGACTCCATCAGAAAGAGGTTTAATATTTTTGTGAGACCCATCGAAGAGAGAAAG, ins_51416:T, ins_23184:TACGATGCAATGAGTAAGACAATAG, ins_755:ACA, ins_25551:TGT, ins_18902:GGCTGTCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTCGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGAAGTTTTCCGTTTGATATAGGATGTGGACATTTAACAATCTGACACGTGGGTGGATATGCGCCTGAATATCTAGGAGTGATTAAGTTTGGAAGTCTTTTCCATTTCGAAGTGCCGTGTTTCAAATATTCTGCTATACCCGTTGAAATAGAAAATTCTAATCCTCCTATTACATATAACTTTCCATCGTTAACACAAGTACTAACTTCTGATTTTAACGACGACATATTAGTAACCGTTTCCATTTTTTTTTGTTTTAAGATCTACCCGCGATACGGAATAAACATGTCTATTGTTAATCATGCCGCCAATAATGTATAGACAATTATGTAAAACATTTGCATCATAGAATTGTCTATCTTCTGTATTACCGACTATCGTCCAATATTCTGTTCTAGGAGAGTAATGGGTTATTGTGGATATATAATCAGAGTTTTTAATGACTACTATATTATGTTTTATACCATTTCGTGTCACAGCTTTGTAGATTTGGATATAGTTAATCCCAACAATGCTATAGCATTGCATATAGCATTAGTCATAAACTTGGGATGTAAAATGTTGATGATATCTACATCGTTTGGATTTTTATGTATCCACTTTAATAATATTATAGCGTAACATCCTCATGATTTACGTTAACGTTTTCGTGTGATAAGATAGTGGTCAGTTCATCCTTTGATAATTTTCCAAATTC, ins_190059:CA, ins_4598:T, ins_6983:T, ins_47779:ATT, ins_196454:TGT

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T
  • OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D
  • OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:I48T
  • OPG015:L136F
  • OPG015:A249T
  • OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E
  • OPG019

  • OPG019:G112C
  • OPG019:M124R
  • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R
  • OPG022

  • OPG022:G73D
  • OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E
  • OPG024

  • OPG024:S32G
  • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V
  • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I
  • OPG029

  • OPG029:C146R
  • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N
  • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K
  • OPG034

  • OPG034:P184H
  • OPG034:L205R
  • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:V17I
  • OPG036:D25E
  • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R
  • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I
  • OPG039

  • OPG039:C279Y
  • OPG040

  • OPG040:M160I
  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S
  • OPG042

  • OPG042:T159I
  • OPG043

  • OPG043:T3A
  • OPG043:N68S
  • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L
  • OPG045

  • OPG045:A185T
  • OPG046

  • OPG046:S95N
  • OPG047

  • OPG047:I232K
  • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M
  • OPG054

  • OPG054:R438G
  • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:C622Y
  • OPG059

  • OPG059:I26L
  • OPG063

  • OPG063:V307A
  • OPG064

  • OPG064:A88S
  • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N
  • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N
  • OPG066:K140N
  • OPG066:L222I
  • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E
  • OPG070

  • OPG070:Y12H
  • OPG070:H205Y
  • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V
  • OPG072

  • OPG072:V10I
  • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V
  • OPG076

  • OPG076:S20N
  • OPG079

  • OPG079:C45Y
  • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H
  • OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R
  • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V
  • OPG089

  • OPG089:D303E
  • OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N
  • OPG092

  • OPG092:I244N
  • OPG094

  • OPG094:R175T
  • OPG096

  • OPG096:I68M
  • OPG096:L75P
  • OPG100

  • OPG100:R134H
  • OPG100:K152Q
  • OPG101

  • OPG101:T153A
  • OPG102

  • OPG102:I249V
  • OPG104

  • OPG104:T12A
  • OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V
  • OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I
  • OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T
  • OPG111

  • OPG111:I77V
  • OPG112

  • OPG112:H34R
  • OPG113

  • OPG113:V537I
  • OPG117

  • OPG117:D454N
  • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E
  • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:S124L
  • OPG122

  • OPG122:I161N
  • OPG122:H162N
  • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y
  • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:T493M
  • OPG125:I514V
  • OPG126

  • OPG126:A26S
  • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I
  • OPG133

  • OPG133:F594S
  • OPG134

  • OPG134:E226D
  • OPG135

  • OPG135:V90E
  • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y
  • OPG136:M740I
  • OPG140

  • OPG140:P39H
  • OPG144

  • OPG144:T184I
  • OPG145

  • OPG145:P76Q
  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R
  • OPG148

  • OPG148:I313S
  • OPG150

  • OPG150:D32N
  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E
  • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:R273Q
  • OPG151:N282D
  • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P
  • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R
  • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A
  • OPG157

  • OPG157:M24V
  • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S
  • OPG160

  • OPG160:P2S
  • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A
  • OPG163

  • OPG163:V46A
  • OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H
  • OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L
  • OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V
  • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:V96I
  • OPG170:M111I
  • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D
  • OPG173

  • OPG173:N21S
  • OPG174

  • OPG174:R315C
  • OPG175

  • OPG175:Q98*
  • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S
  • OPG178

  • OPG178:I139V
  • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y
  • OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T
  • OPG185:T239I
  • OPG187

  • OPG187:K300*
  • OPG188

  • OPG188:S227F
  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R
  • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H
  • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C
  • OPG192

  • OPG192:G100E
  • OPG193

  • OPG193:I108R
  • OPG195

  • OPG195:C120S
  • OPG197

  • OPG197:M1I
  • OPG197:S18T
  • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R
  • OPG199

  • OPG199:D208N
  • OPG199:K230E
  • OPG200

  • OPG200:E134G
  • OPG204

  • OPG204:N178K
  • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A
  • OPG205:R733Q
  • OPG208

  • OPG208:A34V
  • OPG208:I142T
  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A
  • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F
  • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:A475V
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:E1057D
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • Deletions
    OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG045:16, OPG045:17, OPG049:314, OPG159:124-126, OPG164:131-146, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG197:27:DTDTDTDTDTDTD, ins_OPG164:212:*, ins_OPG153:376:II, ins_OPG153:369:DDD, ins_OPG172:3:MMMMMMM, ins_OPG047:483:X, ins_OPG110:79:EEV

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue