This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_00489LY.1

Display Name: Germany/PPD_00489LY.1/2025-01-01
Brinkmann, A.; Kohl, C.; Schrick, L.; Michel, J.; Schaade, L.; Nitsche, A.

Submission details

Submission ID
PV008700.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2025-01-23 21:59:05 UTC
Date released
2025-01-23 21:59:47 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-01-23 21:59insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
Robert Koch Institute, Centre for Biological Threats, Highly Pathogenic Viruses

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
C.1
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
95.76%
Frame shifts
OPG153:386-510(nt:136138-136514)
Length
190625
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
91
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
19
Total SNPs
84
Total stop codons
0
Total unknown nucs
1849

Sample details

Earliest release date
2025-01-23
Collection country
Germany
Collection date
2025-01
Collection date (lower bound)
2025-01-01
Collection date (upper bound)
2025-01-23
Isolate name
MPXV/Germany/2025/ON/RKI1211

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

INSDC

INSDC accession
PV008700.1
NCBI release date
2025-01-23
NCBI update date
2025-01-23

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • C1365T
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • G28142A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
    • Deletions
    607-609, 133177-133186, 136515, 150551, 150564-150567, 179196-179267
    Insertions
    ins_173308:ATATATATATATATATA, ins_133134:NN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:E71K
  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG044

  • OPG044:D18N

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG055

  • OPG055:E301K

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:R665C

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:D249N
  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:S602F
  • OPG109:H740Y

    • OPG117

  • OPG117:H201Y

    • OPG118

  • OPG118:E367K
  • OPG118:K606E

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG148

  • OPG148:R259K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:S20F
  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG195

  • OPG195:E27K

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG153:385
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue