This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_0047K4P.1

Display Name: United_Kingdom/PPD_0047K4P.1/2024-11-28
Everall, I.; Groves, N.; Nettlemill, A.; Wandre, A.; Hartman, H.; Wise, E.; Pullan, S.; Myers, R.; Chand, M.

Submission details

Submission ID
PQ762586.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-13 21:24:01 UTC
Date released
2024-12-13 21:24:24 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-13 21:24insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
UKHSA, Research and Evaluation

Clade & Lineage

Clade
Ib
Lineage
None
Outbreak
None

Alignment states and QC metrics

Completeness
93.53%
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG153:363-510(nt:136138-136581),OPG164:153-227(nt:143232-143458),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG197:44-101(nt:169798-169972)
Length
186229
Stop codons
OPG175:98
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
3104
Total frame shifts
7
Total inserted nucs
1566
Total SNPs
754
Total stop codons
1
Total unknown nucs
3312

Sample details

Collection country
United Kingdom
Collection date
2024-11-28
Collection date (lower bound)
2024-11-28
Collection date (upper bound)
2024-11-28
Isolate name
MPXV_UK_2024_0013

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

INSDC

INSDC accession
PQ762586.1
NCBI release date
2024-12-13
NCBI update date
2024-12-13

Nucleotide mutations

Substitutions

  • G475A
  • T720C
  • G749A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • A1504G
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • G2967A
  • T3099G
  • C3143T
  • G3145A
    • Deletions
    600-609, 622, 2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8471, 8499, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 27114, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46589, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 71178, 132813, 133092-133114, 133177-133186, 133493-133945, 139429-139431, 140193-140201, 142755, 143225-143231, 143459, 145892, 145979-145981, 146902-146915, 146969, 148354, 151022-151026, 151043, 152267-152269, 154354, 154355, 155424, 155652, 156210, 156371-158634, 165054, 165055, 166656, 166657, 166712, 168214, 168962, 169025, 169165, 169581, 169772-169797, 170918, 172063, 173299-173330, 173501, 173502, 173745, 174531-174542, 178741-178744, 181114-181122, 181211-181222, 183555-183557, 187207, 187775
    Insertions
    ins_143437:NNNNN, ins_155809:T, ins_47781:NNNNNN, ins_169530:N, ins_25551:NNN, ins_18902:GGCTGNCATNTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGNACTTAAAGTCTACATTGTNGTTGTATGAGNGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGAAGTTTTCCGTTTGATATAGGATGTGGACATTTAACAATCTGACACGTGGGTGGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGCCTGAATATCTAGGAGTNATTAAGTTTGGAAGTCTTTTCCATTTCGAAGTGCCGTGTTTCAAATATTCTGNTATACCCGTTGAAATAGAAAATTCTAATCCTCCTATTACATATAACTTTCCATNGTTAACACAAGTACTAACTTCTGATTTTAACGACGACATATTAGTAANCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATCTACCCGCGATACGNAATAAACATGTCTATTGTTAATCATGCCNCCAATAATNTATAGACAATTATGTAAAACATTTGCATNATAGAATTGTCTATCTGTATTACNGACTATCGTCCAATATTCTGTTCTAGGAGAGTAATGGGTTATTGTGNATATATAATCAGAGTTTTTAATGACTACTATATTATGTTTTATACCATTTCGTGTCACNGCTTTGTAGATTTGGATATAGTTAATCCCAACAATGCTATAGCATTGCATATANNATTAGTCATAAACTTGGGATGTAAAATGTTGATGATATCTACNTCGTTTGGATTTTTATNTATCCACTTTAATAATATTATAGCGTAACATCCTCATGATTTACGTTAACGTTTTCGTGTGATAAGATAGTGGTCAGTTCATCCTTTGATAATTTTCCAAATTC, ins_23184:TACGATGCAATNAGTAAGACAATAG, ins_755:ACA, ins_13297:NNNNNNNNNNNNNN, ins_19359:NN, ins_187944:A, ins_187083:A, ins_179250:NN, ins_158808:N, ins_629:AAGAGAG, ins_9264:A, ins_62035:N, ins_163234:NNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_10476:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_6983:T, ins_136581:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_168181:A, ins_22468:NNNNNN, ins_147438:NNA, ins_6256:TT, ins_170941:NNNNNNNNNNNNNN, ins_9568:TT, ins_29751:NNNNNNNNNNNNNNN, ins_16407:GTGT, ins_4598:T, ins_47935:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_1697:A, ins_146933:A, ins_155500:NATG, ins_181317:TA, ins_160022:CGA, ins_148280:G, ins_132439:NNNNNNNNN, ins_156002:AC, ins_51417:N, ins_169600:ATGA, ins_8608:NNNNNNNNNNNNNN, ins_146047:TACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_173154:T, ins_7435:GTA, ins_89859:NNNNNNNNN, ins_173690:T, ins_174466:T, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCNNTATCATTAT, ins_150635:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_2762:N, ins_6527:T

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

    • OPG019

  • OPG019:G112C
  • OPG019:M124R

    • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

    • OPG022

  • OPG022:G73D

    • OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:S326L
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

    • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I

    • OPG029

  • OPG029:C146R

    • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N

    • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K

    • OPG034

  • OPG034:L205R

    • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:V17I
  • OPG036:D25E

    • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

    • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

    • OPG039

  • OPG039:C279Y

    • OPG040

  • OPG040:M160I
  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

    • OPG042

  • OPG042:T159I

    • OPG043

  • OPG043:T3A
  • OPG043:N68S

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

    • OPG045

  • OPG045:A185T

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG047

  • OPG047:I232K

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

    • OPG054

  • OPG054:R438G

    • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:C622Y

    • OPG059

  • OPG059:I26L

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG064

  • OPG064:A88S

    • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

    • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N
  • OPG066:K140N
  • OPG066:L222I

    • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

    • OPG070

  • OPG070:Y12H
  • OPG070:H205Y

    • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

    • OPG072

  • OPG072:V10I

    • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

    • OPG076

  • OPG076:S20N

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

    • OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

    • OPG089

  • OPG089:D303E

    • OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

    • OPG092

  • OPG092:I244N

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG096

  • OPG096:I68M
  • OPG096:L75P

    • OPG100

  • OPG100:R134H
  • OPG100:K152Q

    • OPG101

  • OPG101:T153A

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

    • OPG108

  • OPG108:T111I

    • OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

    • OPG111

  • OPG111:I77V

    • OPG112

  • OPG112:H34R

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

    • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:S124L

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

    • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:T493M
  • OPG125:I514V

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

    • OPG133

  • OPG133:F594S

    • OPG134

  • OPG134:E226D

    • OPG135

  • OPG135:V90E

    • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y
  • OPG136:M740I

    • OPG140

  • OPG140:P39H

    • OPG144

  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:P76Q
  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

    • OPG148

  • OPG148:I313S

    • OPG150

  • OPG150:D32N
  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:R273Q
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A

    • OPG157

  • OPG157:M24V

    • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG164

  • OPG164:I111V

    • OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

    • OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

    • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:V96I
  • OPG170:M111I

    • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

    • OPG173

  • OPG173:N21S

    • OPG174

  • OPG174:R315C

    • OPG175

  • OPG175:Q98*

    • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y

    • OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T
  • OPG185:T239I

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG188

  • OPG188:S227F
  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

    • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

    • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

    • OPG192

  • OPG192:G100E

    • OPG193

  • OPG193:I108R

    • OPG195

  • OPG195:C120S

    • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R

    • OPG199

  • OPG199:D208N
  • OPG199:K230E

    • OPG200

  • OPG200:E134G

    • OPG204

  • OPG204:N178K

    • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S

    • OPG208

  • OPG208:I142T
  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

    • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:A475V
  • OPG210:V515A
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
    • Deletions
    OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG049:314, OPG157:61, OPG159:143-145, OPG164:150-152, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG197:35-43, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG153:354:TGHHQDSXXX, ins_OPG172:4:X, ins_OPG047:483:XXXXX, ins_OPG110:77:XXX