This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

Display Name: United_Kingdom/PPD_0047F7M.1/2024-10-27
Nettlemill, A.; Wandre, A.; Everall, I.; Hartman, H.; Wise, E.; Pullan, S.; Newling, K.; GutierrezVasquez, Y.; Ribeca, P.; Schaefer, U.; Chand, M.; Armstrong, G.; Myers, R.; Groves, N.

Submission details

Submission ID
PQ628240.1
Date submitted
2024-12-09 19:13:47 UTC
Date released
2024-12-09 19:28:57 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Authors

Author affiliations
UKHSA, Research and Evaluation

Clade & Lineage

Clade
Ib
Lineage
None
Outbreak
None

Alignment states and QC metrics

Completeness
99.62%
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG097:264-345(nt:75841-76086),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)
Length
195330
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
3292
Total frame shifts
8
Total inserted nucs
1477
Total SNPs
847
Total stop codons
0
Total unknown nucs
678

Sample details

Collection country
United Kingdom
Collection date
2024-10-27
Collection date (lower bound)
2024-10-27
Collection date (upper bound)
2024-10-27
Isolate name
MPXV_UK_2024_0072

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-11-21
NCBI update date
2024-11-21

Nucleotide mutations

Substitutions

  • T128C
  • T466C
  • G475A
  • C630A
  • T720C
  • G749A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • A1504G
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • G2967A
  • Deletions
    600-609, 2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8499, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 29218-29223, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46589, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 76087, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 136555-136560, 140134-140142, 142755, 143168-143215, 143459, 145892, 145979-145981, 146084, 146085, 146870, 146871, 146884-146888, 146969, 150539, 150582-150595, 150634, 150635, 151022-151026, 151043, 152267-152269, 154354, 154355, 155424, 156210, 156371-158634, 160043, 163203-163214, 166656, 166657, 166712, 169530, 170918, 173296-173317, 173501, 173502, 173745, 174531-174542, 178328, 179036, 179181-179243, 181114-181122, 181190-181209, 183555-183557, 187207, 187775, 189744, 190198, 190199, 190402, 192435-192517, 194969-194971, 196608-196617
    Insertions
    ins_170935:GATATCT, ins_6644:A, ins_47935:TGAGTAAAATCAAACACAAAATCTTCGTTCAAACTTAATCTTATTAGAATATTAGTGGAAGAAAGATTCTATAATAATGAATGCAGAGATTATAAATGGAGAATAATTGGAACACAAGTTGATAAAATATTGATAGCTAAATATACAATAGATGCAATGTATCGCATAAGACCGATATATAATACAAAGCAGTACAGATACAATGATGATGTAGAAAATGGATTCATTGGATTGGATAAACTAAAATTAAA, ins_146092:C, ins_152676:A, ins_1697:A, ins_155809:T, ins_178048:TT, ins_160038:A, ins_148280:G, ins_45965:A, ins_187083:A, ins_16407:GTGT, ins_9264:A, ins_172092:A, ins_132445:TATCAAGAT, ins_173690:T, ins_7435:GTA, ins_175631:TTA, ins_62041:A, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_189180:A, ins_8608:ATATATATATATATATAT, ins_192611:A, ins_146933:A, ins_6256:TTT, ins_168181:A, ins_146045:ATTACAATACATTTTTATCATAACA, ins_6527:T, ins_169774:ACAGAT, ins_188635:T, ins_172054:TAGTT, ins_173154:T, ins_631:GAGAGAA, ins_29766:TTCCA, ins_178158:TT, ins_22482:TTCTATTTCTAT, ins_195519:T, ins_89868:GAAGAAGTA, ins_160022:CGA, ins_196580:CTCTCTT, ins_156002:AC, ins_169600:ATGA, ins_143413:TAA, ins_188578:G, ins_16543:ATTA, ins_181317:TA, ins_150568:G, ins_51416:T, ins_188360:ATATA, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_174466:T, ins_155502:GAT, ins_19350:T, ins_147435:ATGATGATGATGATGATGATG, ins_168226:T, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_136536:TATGATATC, ins_187944:A, ins_16560:AT, ins_148351:AA, ins_23184:TACGATGCAATGAGTAAGACAATAG, ins_755:ACA, ins_25551:TGT, ins_18902:GGCTGTCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTCGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGAAGTTTTCCGTTTGATATAGGATGTGGACATTTAACAATCTGACACGTGGGTGGATATGCGCCTGAATATCTAGGAGTGATTAAGTTTGGAAGTCTTTTCCATTTCGAAGTGCCGTGTTTCAAATATTCTGCTATACCCGTTGAAATAGAAAATTCTAATCCTCCTATTACATATAACTTTCCATCGTTAACACAAGTACTAACTTCTGATTTTAACGACGACATATTAGTAACCGTTTCCATTTTTTTTTGTTTTAAGATCTACCCGCGATACGGAATAAACATGTCTATTGTTAATCATGCCGCCAATAATGTATAGACAATTATGTAAAACATTTGCATCATAGAATTGTCTATCTTCTGTATTACCGACTATCGTCCAATATTCTGTTCTAGGAGAGTAATGGGTTATTGTGGATATATAATCAGAGTTTTTAATGACTACTATATTATGTTTTATACCATTTCGTGTCACAGCTTTGTAGATTTGGATATAGTTAATCCCAACAATGCTATAGCATTGCATATAGCATTAGTCATAAACTTGGGATGTAAAATGTTGATGATATCTACATCGTTTGGATTTTTATGTATCCACTTTAATAATATTATAGCGTAACATCCTCATGATTTACGTTAACGTTTTCGTGTGATAAGATAGTGGTCAGTTCATCCTTTGATAATTTTCCAAATTC, ins_190059:CA, ins_4598:T, ins_6983:T, ins_47779:ATT, ins_196454:TGT, ins_9568:TT, ins_146073:A, ins_152182:GC, ins_190959:AAA

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T
  • OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D
  • OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:I48T
  • OPG015:L136F
  • OPG015:A249T
  • OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E
  • OPG019

  • OPG019:G112C
  • OPG019:M124R
  • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R
  • OPG022

  • OPG022:G73D
  • OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E
  • OPG024

  • OPG024:S32G
  • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V
  • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I
  • OPG029

  • OPG029:C146R
  • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N
  • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K
  • OPG034

  • OPG034:P184H
  • OPG034:L205R
  • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:V17I
  • OPG036:D25E
  • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R
  • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I
  • OPG039

  • OPG039:C279Y
  • OPG040

  • OPG040:M160I
  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S
  • OPG042

  • OPG042:T159I
  • OPG043

  • OPG043:T3A
  • OPG043:N68S
  • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L
  • OPG045

  • OPG045:A185T
  • OPG046

  • OPG046:S95N
  • OPG047

  • OPG047:I232K
  • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M
  • OPG054

  • OPG054:R438G
  • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:C622Y
  • OPG059

  • OPG059:I26L
  • OPG063

  • OPG063:V307A
  • OPG064

  • OPG064:A88S
  • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N
  • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N
  • OPG066:K140N
  • OPG066:L222I
  • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E
  • OPG070

  • OPG070:Y12H
  • OPG070:H205Y
  • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V
  • OPG072

  • OPG072:V10I
  • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V
  • OPG076

  • OPG076:S20N
  • OPG079

  • OPG079:C45Y
  • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H
  • OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R
  • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V
  • OPG089

  • OPG089:D303E
  • OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N
  • OPG092

  • OPG092:I244N
  • OPG094

  • OPG094:R175T
  • OPG096

  • OPG096:I68M
  • OPG096:L75P
  • OPG100

  • OPG100:R134H
  • OPG100:K152Q
  • OPG101

  • OPG101:T153A
  • OPG102

  • OPG102:I249V
  • OPG104

  • OPG104:T12A
  • OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V
  • OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I
  • OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T
  • OPG111

  • OPG111:I77V
  • OPG112

  • OPG112:H34R
  • OPG113

  • OPG113:V537I
  • OPG117

  • OPG117:D454N
  • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E
  • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:S124L
  • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y
  • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:T493M
  • OPG125:I514V
  • OPG126

  • OPG126:A26S
  • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I
  • OPG133

  • OPG133:F594S
  • OPG134

  • OPG134:E226D
  • OPG135

  • OPG135:V90E
  • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y
  • OPG136:M740I
  • OPG140

  • OPG140:P39H
  • OPG144

  • OPG144:T184I
  • OPG145

  • OPG145:P76Q
  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R
  • OPG148

  • OPG148:I313S
  • OPG150

  • OPG150:D32N
  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E
  • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:R273Q
  • OPG151:N282D
  • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P
  • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R
  • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A
  • OPG157

  • OPG157:M24V
  • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S
  • OPG160

  • OPG160:P2S
  • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A
  • OPG163

  • OPG163:V46A
  • OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H
  • OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L
  • OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V
  • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:V96I
  • OPG170:M111I
  • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D
  • OPG173

  • OPG173:N21S
  • OPG174

  • OPG174:R315C
  • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S
  • OPG178

  • OPG178:I139V
  • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y
  • OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T
  • OPG185:T239I
  • OPG187

  • OPG187:K300*
  • OPG188

  • OPG188:S227F
  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R
  • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H
  • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C
  • OPG192

  • OPG192:G100E
  • OPG193

  • OPG193:I108R
  • OPG195

  • OPG195:C120S
  • OPG197

  • OPG197:M1I
  • OPG197:S18T
  • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R
  • OPG199

  • OPG199:K230E
  • OPG200

  • OPG200:E134G
  • OPG204

  • OPG204:N178K
  • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A
  • OPG205:R733Q
  • OPG208

  • OPG208:A34V
  • OPG208:I142T
  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A
  • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F
  • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:A475V
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:E1057D
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • Deletions
    OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG045:16, OPG045:17, OPG049:314, OPG153:370, OPG153:371, OPG159:124-126, OPG164:131-146, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG197:35:TD, ins_OPG164:212:*, ins_OPG153:378:IID, ins_OPG172:3:MMMMMMM, ins_OPG047:483:X, ins_OPG110:79:EEV