This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_0047EZ3.1

Display Name: Portugal/PPD_0047EZ3.1/2024-10-01
Isidro, J.; Borges, V.; Pinto, M.; Sobral, D.; Santos, J.; Nunes, A.; Mixao, V.; Ferreira, R.; Santos, D.; Duarte, S.; Vieira, L.; Borrego, M. J.; Nuncio, S.; Lopes de Carvalho, I.; Pelerito, A.; Cordeiro, R.; Gomes, J. P.

Submission details

Submission ID
PQ583323.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-09 19:13:47 UTC
Date released
2024-12-09 19:28:57 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-09 19:14insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
National Institute of Health Doutor Ricardo Jorge (INSA), Department of Infectious Diseases

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
E.1
Outbreak
hMPXV-1

Alignment states and QC metrics

Completeness
94.67%
Length
195643
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
82
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
78
Total SNPs
97
Total stop codons
0
Total unknown nucs
8941

Sample details

Collection country
Portugal
Collection date
2024-10-01
Collection date (lower bound)
2024-10-01
Collection date (upper bound)
2024-10-01
Isolate name
Monkeypox/PT0833/2024

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

INSDC

INSDC accession
PQ583323.1
NCBI release date
2024-11-12
NCBI update date
2024-11-12

Nucleotide mutations

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G12285A
  • G13563A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • G23110A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
    • Deletions
    133177-133186, 179172-179243
    Insertions
    ins_173291:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANANANAN, ins_133102:TT

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG023

  • OPG023:R206C

    • OPG025

  • OPG025:A423D
  • OPG025:P569S

    • OPG036

  • OPG036:M1I

    • OPG038

  • OPG038:S17L

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:R665C

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:D59N

    • OPG181

  • OPG181:D218N

    • OPG185

  • OPG185:T258I

    • OPG188

  • OPG188:E229K

    • OPG189

  • OPG189:R179K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S1488L
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None