This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_0047E5S.1

Display Name: USA/PPD_0047E5S.1/2024-10-01
Taki, F.; Akhter, S.; Amin, H.; Bologna, J.; De La Cruz, N.; Olsen, A.; Chowdhury, M.; Chen, X.; Polanco, M.; Omoregie, E.; Siemetzki-Kapoor, U.

Submission details

Submission ID
PQ520546.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-09 19:13:47 UTC
Date released
2024-12-09 19:28:57 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-09 19:14insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
NYC Department of Health and Mental Hygiene, Public Health Laboratory

INSDC

Bioproject accession
PRJNA949682
INSDC accession
PQ520546.1
NCBI release date
2024-10-28
NCBI update date
2024-10-28

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
F.4
Outbreak
hMPXV-1

Alignment states and QC metrics

Completeness
94.99%
Length
195649
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
10
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
0
Total SNPs
86
Total stop codons
0
Total unknown nucs
8327

Sample details

Collection subdivision level 1
NY, New York City
Collection country
USA
Collection date
2024-10
Collection date (lower bound)
2024-10-01
Collection date (upper bound)
2024-10-28
Isolate name
NY-NYCPHL-0001388

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

Nucleotide mutations

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • C34277T
  • G34459A
    • Deletions
    133177-133186
    Insertions
    None

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG037

  • OPG037:S347F

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG069

  • OPG069:E42K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N
  • OPG092:E348K

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:H218Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG148

  • OPG148:G312S

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG175

  • OPG175:S29L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG205

  • OPG205:D330N

    • OPG209

  • OPG209:S30L

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None