This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

Display Name: Rwanda/PPD_0047DZ4.1/2024-10-01
Brinkmann, A.; Kohl, C.; Schrick, L.; Michel, J.; Schaade, L.; Nitsche, A.

Submission details

Submission ID
PQ499044.2
Date submitted
2024-12-09 19:13:47 UTC
Date released
2024-12-09 19:28:57 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Authors

Author affiliations
Robert Koch Institute, Centre for Biological Threats, Highly Pathogenic Viruses

Clade & Lineage

Clade
Ib
Lineage
None
Outbreak
None

Alignment states and QC metrics

Completeness
100.00%
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG153:370-371(nt:136556-136560),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)
Length
195370
Stop codons
OPG175:98
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
3310
Total frame shifts
8
Total inserted nucs
1471
Total SNPs
856
Total stop codons
1
Total unknown nucs
0

Sample details

Collection country
Rwanda
Collection date
2024-10
Collection date (lower bound)
2024-10-01
Collection date (upper bound)
2024-10-24
Isolate name
MPXV/Ib/Germany/2024/RKI1142

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-10-24
NCBI update date
2024-12-04

Nucleotide mutations

Substitutions

  • T128C
  • T466C
  • G475A
  • C630A
  • T720C
  • G749A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • A1504G
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • G2967A
  • Deletions
    600-609, 2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8499, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 29218-29223, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46589, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 136555, 140134-140142, 142755, 143168-143215, 143459, 145892, 145979-145981, 146084, 146085, 146870, 146871, 146884-146888, 146969, 150539, 150582-150595, 150634, 150635, 151022-151026, 151043, 152267-152269, 154354, 154355, 155424, 156210, 156371-158634, 160043, 163203-163214, 166656, 166657, 166712, 169530, 170918, 173298-173317, 173501, 173502, 173745, 174531-174542, 178328, 179154-179243, 181114-181122, 181190-181209, 183555-183557, 187207, 187775, 189744, 190198, 190199, 190402, 192435-192517, 194969-194971, 196608-196617
    Insertions
    ins_170935:GATATCT, ins_6644:A, ins_47935:TGAGTAAAATCAAACACAAAATCTTCGTTCAAACTTAATCTTATTAGAATATTAGTGGAAGAAAGATTCTATAATAATGAATGCAGAGATTATAAATGGAGAATAATTGGAACACAAGTTGATAAAATATTGATAGCTAAATATACAATAGATGCAATGTATCGCATAAGACCGATATATAATACAAAGCAGTACAGATACAATGATGATGTAGAAAATGGATTCATTGGATTGGATAAACTAAAATTAAA, ins_152676:A, ins_1697:A, ins_155809:T, ins_178048:TT, ins_160038:A, ins_148280:G, ins_9568:TT, ins_45965:A, ins_175631:TTA, ins_62041:A, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_189180:A, ins_6256:TTT, ins_136539:TATGAT, ins_168181:A, ins_7435:GTA, ins_173690:T, ins_169600:ATGA, ins_156002:AC, ins_197209:ATAATATTAATGTA, ins_188635:T, ins_172054:TAGTT, ins_173154:T, ins_631:GAGAGAA, ins_29766:TTCCA, ins_178158:TT, ins_0:TACATTAATATTAT, ins_172092:A, ins_132445:TATCAAGAT, ins_187083:A, ins_178722:AT, ins_8608:ATATATATATATATATATAT, ins_192611:A, ins_89868:GAAGAAGTA, ins_160022:CGA, ins_196580:CTCTCTT, ins_136560:CATCATCATC, ins_146933:A, ins_143413:TAA, ins_188578:G, ins_16543:ATTA, ins_169774:ACAGAT, ins_146045:ATTACAATACATTTTTATCATAACA, ins_6527:T, ins_22482:TTCTATTTCTAT, ins_195519:T, ins_146073:A, ins_190959:AAA, ins_152182:GC, ins_9264:A, ins_16407:GTGT, ins_181317:TA, ins_150568:G, ins_51416:T, ins_188360:ATATA, ins_146092:C, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_174466:T, ins_155502:GAT, ins_19350:T, ins_147435:ATGATGATGATGATGATGATG, ins_168226:T, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_187944:A, ins_16560:AT, ins_148351:AA, ins_23184:TACGATGCAATGAGTAAGACAATAG, ins_755:ACA, ins_25551:TGT, ins_18902:GGCTGTCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTCGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGAAGTTTTCCGTTTGATATAGGATGTGGACATTTAACAATCTGACACGTGGGTGGATATGCGCCTGAATATCTAGGAGTGATTAAGTTTGGAAGTCTTTTCCATTTCGAAGTGCCGTGTTTCAAATATTCTGCTATACCCGTTGAAATAGAAAATTCTAATCCTCCTATTACATATAACTTTCCATCGTTAACACAAGTACTAACTTCTGATTTTAACGACGACATATTAGTAACCGTTTCCATTTTTTTTTGTTTTAAGATCTACCCGCGATACGGAATAAACATGTCTATTGTTAATCATGCCGCCAATAATGTATAGACAATTATGTAAAACATTTGCATCATAGAATTGTCTATCTTCTGTATTACCGACTATCGTCCAATATTCTGTTCTAGGAGAGTAATGGGTTATTGTGGATATATAATCAGAGTTTTTAATGACTACTATATTATGTTTTATACCATTTCGTGTCACAGCTTTGTAGATTTGGATATAGTTAATCCCAACAATGCTATAGCATTGCATATAGCATTAGTCATAAACTTGGGATGTAAAATGTTGATGATATCTACATCGTTTGGATTTTTATGTATCCACTTTAATAATATTATAGCGTAACATCCTCATGATTTACGTTAACGTTTTCGTGTGATAAGATAGTGGTCAGTTCATCCTTTGATAATTTTCCAAATTC, ins_190059:CA, ins_4598:T, ins_6983:T, ins_47779:ATT, ins_196454:TGT

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T
  • OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D
  • OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:I48T
  • OPG015:L136F
  • OPG015:A249T
  • OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E
  • OPG019

  • OPG019:G112C
  • OPG019:M124R
  • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R
  • OPG022

  • OPG022:G73D
  • OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E
  • OPG024

  • OPG024:S32G
  • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V
  • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I
  • OPG029

  • OPG029:C146R
  • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N
  • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K
  • OPG034

  • OPG034:P184H
  • OPG034:L205R
  • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:V17I
  • OPG036:D25E
  • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R
  • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I
  • OPG039

  • OPG039:C279Y
  • OPG040

  • OPG040:M160I
  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S
  • OPG042

  • OPG042:T159I
  • OPG043

  • OPG043:T3A
  • OPG043:N68S
  • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L
  • OPG045

  • OPG045:A185T
  • OPG046

  • OPG046:S95N
  • OPG047

  • OPG047:I232K
  • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M
  • OPG054

  • OPG054:R438G
  • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:C622Y
  • OPG059

  • OPG059:I26L
  • OPG063

  • OPG063:V307A
  • OPG064

  • OPG064:A88S
  • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N
  • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N
  • OPG066:K140N
  • OPG066:L222I
  • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E
  • OPG070

  • OPG070:Y12H
  • OPG070:H205Y
  • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V
  • OPG072

  • OPG072:V10I
  • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V
  • OPG076

  • OPG076:S20N
  • OPG079

  • OPG079:C45Y
  • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H
  • OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R
  • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V
  • OPG089

  • OPG089:D303E
  • OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N
  • OPG092

  • OPG092:I244N
  • OPG094

  • OPG094:R175T
  • OPG096

  • OPG096:I68M
  • OPG096:L75P
  • OPG100

  • OPG100:R134H
  • OPG100:K152Q
  • OPG101

  • OPG101:T153A
  • OPG102

  • OPG102:I249V
  • OPG104

  • OPG104:T12A
  • OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V
  • OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I
  • OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T
  • OPG111

  • OPG111:I77V
  • OPG112

  • OPG112:H34R
  • OPG113

  • OPG113:V537I
  • OPG117

  • OPG117:D454N
  • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E
  • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:S124L
  • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y
  • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:T493M
  • OPG125:I514V
  • OPG126

  • OPG126:A26S
  • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I
  • OPG133

  • OPG133:F594S
  • OPG134

  • OPG134:E226D
  • OPG135

  • OPG135:V90E
  • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y
  • OPG136:M740I
  • OPG140

  • OPG140:P39H
  • OPG144

  • OPG144:T184I
  • OPG145

  • OPG145:P76Q
  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R
  • OPG148

  • OPG148:I313S
  • OPG150

  • OPG150:D32N
  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E
  • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:R273Q
  • OPG151:N282D
  • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P
  • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R
  • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A
  • OPG157

  • OPG157:M24V
  • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S
  • OPG160

  • OPG160:P2S
  • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A
  • OPG163

  • OPG163:V46A
  • OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H
  • OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L
  • OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V
  • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:V96I
  • OPG170:M111I
  • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D
  • OPG173

  • OPG173:N21S
  • OPG174

  • OPG174:R315C
  • OPG175

  • OPG175:Q98*
  • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S
  • OPG178

  • OPG178:I139V
  • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y
  • OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T
  • OPG185:T239I
  • OPG187

  • OPG187:K300*
  • OPG188

  • OPG188:S227F
  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R
  • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H
  • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C
  • OPG192

  • OPG192:G100E
  • OPG193

  • OPG193:I108R
  • OPG195

  • OPG195:C120S
  • OPG197

  • OPG197:M1I
  • OPG197:S18T
  • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R
  • OPG199

  • OPG199:K230E
  • OPG200

  • OPG200:E134G
  • OPG204

  • OPG204:N178K
  • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A
  • OPG205:R733Q
  • OPG208

  • OPG208:A34V
  • OPG208:I142T
  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A
  • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F
  • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:A475V
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:E1057D
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • Deletions
    OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG045:16, OPG045:17, OPG049:314, OPG159:124-126, OPG164:131-146, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG197:35:TD, ins_OPG164:212:*, ins_OPG153:376:II, ins_OPG153:369:DDD, ins_OPG172:3:MMMMMMM, ins_OPG047:483:X, ins_OPG110:79:EEV