This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_0047D9K.1

Display Name: USA/PPD_0047D9K.1/2024-09-16
Green, S.; Kunstman, K.; Barbian, H.; Araujo Perez, F.; Kittner, A.; Bobrovska, S.; Newcomer, E.

Submission details

Submission ID
PQ463264.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-09 19:13:47 UTC
Date released
2024-12-09 19:28:57 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-09 19:14insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
Rush University Medical Center, Regional Innovative Public Health Laboratory (RIPHL)

INSDC

Bioproject accession
PRJNA900277
INSDC accession
PQ463264.1
NCBI release date
2024-10-15
NCBI update date
2024-10-15

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
F.6
Outbreak
hMPXV-1

Alignment states and QC metrics

Completeness
96.28%
Length
195585
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
115
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
39
Total SNPs
85
Total stop codons
0
Total unknown nucs
5787

Sample details

Collection subdivision level 1
IL, Chicago
Collection country
USA
Collection date
2024-09-16
Collection date (lower bound)
2024-09-16
Collection date (upper bound)
2024-09-16
Isolate name
hMpxV/USA/IL-RIPHL-050-0206/2024

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

Nucleotide mutations

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • C8663T
  • G14000T
  • A18769G
  • C18901T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
  • G37202A
    • Deletions
    133177-133186, 163900-163905, 179145-179243
    Insertions
    ins_173297:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_133102:TTN

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG065

  • OPG065:R28C

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:L112F

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG107

  • OPG107:S7L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG112

  • OPG112:E85K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG123

  • OPG123:R471C

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG170

  • OPG170:S30F

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG185

  • OPG185:S231F

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG199

  • OPG199:E172K

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG189:190, OPG189:191
    Insertions
    None