This is a demo instance. You can upload any data you like, including test data to try things out. You can find test data to upload in the example data repository. This instance should not be used for analysis.

PPD_00477TN.1

Display Name: USA/PPD_00477TN.1/2024-09-03
Roychoudhury, P.; Xie, X.; Sereewit, J.; Ellis, S.; Greninger, A.

Submission details

Submission ID
PQ328534.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-09 19:13:47 UTC
Date released
2024-12-09 19:28:57 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-09 19:14insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
University of Washington, Laboratory Medicine and Pathology

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
F.1
Outbreak
hMPXV-1

Alignment states and QC metrics

Completeness
100.00%
Length
197188
Stop codons
OPG175:98
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
61
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
40
Total SNPs
90
Total stop codons
1
Total unknown nucs
0

Sample details

Collection subdivision level 1
Washington
Collection country
USA
Collection date
2024-09-03
Collection date (lower bound)
2024-09-03
Collection date (upper bound)
2024-09-03
Isolate name
WA-UW-032125

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

INSDC

INSDC accession
PQ328534.1
NCBI release date
2024-09-16
NCBI update date
2024-09-16

Nucleotide mutations

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G11668A
  • G14000T
  • G15428A
  • G16748A
  • G16767A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
    • Deletions
    602-609, 133177-133186, 150586-150602, 179194-179211, 196610-196617
    Insertions
    ins_173317:ATAT, ins_192403:TA, ins_0:TTTTAGTACATTAATATTAT, ins_197209:TAAATTTTAAT, ins_133102:TTT

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG029

  • OPG029:R108C

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG117

  • OPG117:S297L

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG164

  • OPG164:S167F

    • OPG175

  • OPG175:Q98*

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG195

  • OPG195:R170Q

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None