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Display Name: Italy/PPD_003ZEYM.1/2023-09-15
Monaco, F.; Valleriani, F.; Teodori, L.; Amatori, G.; Marcacci, M.; Savini, G.

Submission details

Submission ID
PP104377.1
Date submitted
2024-11-19 16:26:34 UTC
Date released
2024-11-19 16:49:31 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Authors

Author affiliations
Istituto Zooprofilattico Sperimentale 'G. Caporale', Viral Foreign Deseases of Animals

Alignment states and QC metrics

Completeness
99.13%
Frame shifts
NS2A:122-124(nt:3889-3895)
Length
10920
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
30
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
17
Total SNPs
2214
Total stop codons
0
Total unknown nucs
0

Sample details

Collection subdivision level 1
EmiliaRomagna
Collection country
Italy
Collection date
2023-09-15
Isolate name
TE.25168.1.2

Host

Host name scientific
Culex pipiens
Host taxon id

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-02-02
NCBI update date
2024-02-02

Lineage

Lineage
2

Nucleotide mutations

Substitutions

  • C52T
  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216A
  • G219A
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • C255T
  • Deletions
    3885-3888, 6994-6996, 10447-10449, 10457-10462, 10467-10470, 10487-10494, 10904, 10921
    Insertions
    ins_10483:GTT, ins_10501:T, ins_7006:TTGAGA, ins_10426:AAT, ins_3895:AATG

    Amino acid mutations

    Substitutions

    2K

  • 2K:M15L
  • NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:Y35H
  • NS1:K44R
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T
  • NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:F46L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K
  • NS2A:I183V
  • NS2A:R188K
  • NS2A:S192C
  • NS2A:A193S
  • NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:M88I
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V120I
  • NS3

  • NS3:K11R
  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:R203K
  • NS3:R215K
  • NS3:A233S
  • NS3:P249H
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:V384I
  • NS3:T436E
  • NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A
  • NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:R20K
  • NS4B:I21P
  • NS4B:V23T
  • NS4B:K24R
  • NS4B:N26T
  • NS4B:F27T
  • NS4B:S28L
  • NS4B:M29G
  • NS4B:G30V
  • NS4B:T116A
  • NS4B:I168V
  • NS4B:L180M
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T
  • NS5

  • NS5:Q18H
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:K190R
  • NS5:L197T
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K
  • capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100T
  • capsid:K108T
  • capsid:T109A
  • capsid:I111F
  • capsid:A112T
  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A
  • env

  • env:A51T
  • env:E55D
  • env:T64S
  • env:K71R
  • env:D83E
  • env:R93K
  • env:S122T
  • env:I126T
  • env:R128W
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  • env:L131Q
  • env:V159T
  • env:L167F
  • env:A172S
  • env:N199S
  • env:T205S
  • env:T208A
  • env:T210S
  • prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:A73S
  • prM:M112L
  • prM:V156A
  • prM:V157I
  • Deletions
    NS2A:121
    Insertions
    ins_NS4B:31:N